微生物學的研究方法和技術有：
顯微技術，純種培養技術，無菌技術，純種分離純化技術和微生物保藏技術。
顯微技術（micros）：顯微技術是利用光學系統或電子光學系統設備，觀察肉眼所不能分辨的微小物體形態結構及其特性的技術。包括：①各種顯微鏡的基本原理、操作和應用的技術；②顯微鏡樣品的制備技術；③觀察結果的記錄、分析和處理的技術。
純培養：純培養最重要的是在於微生物的生理研究，方法是依靠滅菌和分離，是由巴斯德（L．Pasteur）和柯赫（R．Koch）建立起來的。在自然界中，有的培養條件很困難，特別是具有密切共生關系的生物及進行寄生性營養的生物；也有一些在理論上不可能進行純粹培養的生物。純培養(pure culture)——微生物學中把從一個細胞或一群相同的細胞經過培養繁殖而得到的後代,稱純培養。
無菌技術：無菌技術是在醫療護理操作過程中，保持無菌物品、無菌區域不被污染、防止病原微生物 侵入人體的一系列操作技術。無菌技術（aseptic technique） 是指在執行醫療、護理技術過程中，防止一切微生物侵入機體和保持無菌物品及無菌區域不被污染的操作技術和管理方法。
純化：純化是將多糖混合物分離為單一多糖的過程。在進行菌種鑒定時，所用的微生物一般均要求為純的培養物。得到純培養的過程稱為分離純化。
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