Ⅰ 如何預測miRNA的靶基因
預測miRNA的靶基因，是研究miRNA功能和調控網路的關鍵步驟。以下為常用預測方法：
首先，基於序列匹配的方法通過比較miRNA序列與靶基因3'非翻譯區（3' UTR）序列，尋找互補配對的miRNA靶位點。常用工具如TargetScan、miRanda、PicTar等。
其次，基於保守性的方法利用跨物種基因組序列比對，預測miRNA靶位點上的保守序列區域，識別可能的靶基因。PhyloP、PhastCons等工具適合進行此類保守性分析。
再者，基於結構的方法考慮miRNA與靶基因的結構和穩定性，通過預測二級結構和自由能等參數，預測結合位點。RNAhybrid、miRanda等工具支持結構預測。
最後，集成方法綜合運用多種預測方法，結合序列匹配、保守性和結構信息，提高靶基因預測准確性。
值得注意的是，miRNA靶基因預測存在不確定性。為驗證預測，常通過實驗方法如Luciferase reporter assay、Western blotting、qPCR等。同時，利用公開的miRNA和基因表達數據進行miRNA與靶基因關系分析，有助於驗證預測結果。