① 基因序列比較怎麼分析
基因序列比較怎麼分析
測序得到基因序列後一般都需要進行序列比對，看和目的序列的差異情況，常用的軟體有DNAman,還有invitrogen的vectorVI也不錯。此外還可以直接在網上進行比對，推薦NCBI網站的BLAST可以直接網上進行。
不用擔心，多熟悉幾遍就可以操作了，很簡單的，要對自己有信心，加油！
② 急急急！請問測得了基因序列怎麼進行同源性比對和構建進化樹啊誰可以幫我...不勝感激！
你可以把需要比對的序列用fasta格式保存在記事本里，然後用clustalW/clustalX的多重比對選項，直接按它默認的演算法算算，生成的.dnd格式拿到MAGA裡面的phylogeny——display newick tree from file選項中打開。就成了進化樹了。可以在裡面調整成你想要的表示方法和順序，另存為就好了。
還有就是用DNAMAN , 多重比對（畫了多條線並橫著排列的標志multiple alignment），點了之後，將fasta格式保存的文件打開，選擇是DNA還是蛋白質，然後以默認程序運算，出現的界面中選output——tree——最後一個，就有樹了。你可以以不同的方式調整，然後輸出。
如果還不行，你可以去網上搜搜相關說明書，那裡會有比較詳細的步驟。
希望能幫到你哈！
③ 怎麼比對同一基因在人，小鼠和大鼠間的同源性
在GENE資料庫上查找你的c-met的序列,分別比較人和鼠的相似性,有相關網站可以做,如SWISS等,根據相似比例判斷同源性.
同源性（homology）這個概念不能量化,「兩條序列具有同源性」或者「不具有同源性」.而相似性（similarity）和一致性（identity）可以看做是從不同的角度對同源性的量化指標,一般地,兩條序列之間的相似性（similarity）的程度會大於一致性（identity）的程度.一般來說,序列之間的相似性（similarity）和一致性（identity）越高,序列之間同源的可能性越大.下面這段描述是三者正確的描述.
例：A序列包含有一個1500bp的ORF,通過BLAST,得知該序列與B序列同源,相似性高達94.3%,一致性達89.6%.
④ 基因序列的比對方法
你可以上網在NCBI上比對，如果你要比對兩個已知序列的同源性，也可以用DNAMAN等軟體比對同源性等等。
NCBI網址 http://www.ncbi.nlm.nih.gov 如果還有不明白可以用網路給我短消息我們QQ上聊。
⑤ 如何在ncbi中比對兩個序列的同源性
你在用DNAMAN的多序列比對時，在彈出的對話框中可能沒有選擇「嘗試使用雙鏈」吧？包括編碼鏈和非編碼連的比對，你測序得到的目的片段可能是非編碼鏈（即你目的基因的編碼鏈的互補序列），而NCBI中提交的序列都是編碼鏈的序列。
⑥ 如何用DNAstar進行同源性分析
這與其編碼蛋白的功能有關，常易被忽視。 採用反向PCR技術對陽性病料中的6株豬圓環病毒Ⅱ型(PCV2)進行全基因的擴增，得到18份PCV2陽性病料，說明ORF1非常保守。 應用Mega和CLUSTAL分析對分離株和國內外已發表的34株PCV2及2株PCV1序列進行比較.0％和98，得到長度為1768或1767bp的目的基因片段.9％～100.9％～100％和92Porcine circovirus type2(PCV2)不僅是引起仔豬斷奶多系統衰竭征的主要病原體。本實驗分離株皆屬第二群，而且還與其它病症相關。 應用DNAstar序列分析對所測定的6株PCV2序列進行同源性分析.5％～100％，說明廣西株與法國株親緣關系較近，以美國和加拿大為代表的一群，這種可導致機體免疫抑制的病毒，分離株ORF1的核苷酸及氨基酸之間的同源性分別為96，其中兩個與病毒的抗原表位相對應，分為兩大群.1％～100％，兩個基因型遺傳距離上相對較遠，以及以法國為代表的一群。分離株ORF2之間的核苷酸及氨基酸同源性分別為92、克隆和測序。PCV2的危害在於能夠使感染豬只的免疫功能受到損害，與國外已發表毒株的ORF2比較，分為兩群。應用計算機分析兩個主要閱讀框ORF1和ORF2並推導其氨基酸序列，推測這些變異可能與PCV2抗原性及致病性的改變有關，並建立了遺傳進化樹。該進化樹主要分為兩大群.3％～100％，由於經常以亞臨床感染的形式出現。PCV2各分離株之間存在著某種地理區域上的相關性，變異相對於ORF1較大。 本研究採用PCR診斷技術對所收集的73份疑似PCV2病的病料進行檢測。因此應當進一步加強對PCV2感染的流行病學及分子病學研究。結果顯示，六株之間的核苷酸同源性為95，發現變異主要發生在三個區域
⑦ 基因同源性怎麼分析
1．直向同源基因
直向同源基因(orthologous gene)又譯為「垂直同源基因」、「正同源基因」 或「定向進化同源基因」、「直系同源基因」，是指從同一祖先垂直進化而來的基因。或者說，一個祖先物種分化產生兩種新物種，那麼這兩種新物種共同具有的由這個祖先物種繼承下來的基因就稱為直向同源基因。直向同源基因通常是編碼生命必需的酶、輔酶或關鍵性的調控蛋白的基因，具有功能保守，進化緩慢，變化速度可覆蓋整個進化歷史，且序列變化速度與進化距離相當等特徵。大多數直向同源基因功能相同或相近，調控途徑也相似， 因此在基因組序列的注釋中，是最可靠的選擇，例如人α一珠蛋白基因與小鼠α一珠蛋白基因。
2．橫向同源基因
橫向同源基因(paralogous gene)又譯為「旁系同源基因」、「並系同源基因」或「平行進化同源基因」，是指由於基因重復而產生的同源基因例如人γ一珠蛋白基因和β一珠蛋白基因。基因重復後，進化選擇壓力變小、其中一條基因丟失或發生沉默都是促使橫向同源基因分化產生新特性或新功能的原因。然而，雖然某些橫向同源基因轉錄區序列相似度不高，但它們的操縱子卻仍然具有較高的保守度。值得注意的是，橫向同源基因並不局限於同一物種內，不同物種中由於始祖基因的復制而分化的基因也稱橫向同源基因，如鼠α一珠蛋白和雞β一珠蛋白基因。
3．異源同源基因
異源同源基因(xenologous gene)是由於基因在不同物種間的橫向轉移(horizontal transfer)而產生的。異源同源基因在原核生物中研究比較多。最近研究表明，異源同源基因的原位取代xenolo—gous gene displacement in situ)是細菌進化的強大推動力。另外，在比較真核基因組和原核生物基因組時發現，小部分脊椎動物基因在細菌中有同源序列，而在其他真核生物中卻沒有發現同源序列。一種解釋認為，這些基因從細菌直接水平地轉移到脊椎動物的祖先，也是異源同源基因；另外一種解釋則認為，是由於其他的真核生物丟失了這些基因。
⑧ 如何進行序列同源性分析及BLAST同源性步驟
將我們在序列拼接一文中得到的病毒全基因組，進行同源性分析，分析拼接得到的序列與其他序列的相似性，從而為進一步的進化樹分析打好基礎。
⑨ 急！在線請教高手，如何在NCBI對剛測出來的基因序列進行同源性分析
同源性分析至少要使用兩條以上序列才可以。
將序列下載，使用fasta格式保存。然後用clusterX打開，對位排列即可。
⑩ 基因序列比較怎麼分析
看你是要對比幾條序列了，
雙序列比對需要BLAST，NCBI上有，也可以在網路搜索本地版的下載下來，
多序列比對需要cluxtal X軟體， 要把所有基因序列fasta格式放在一起，需要輸入所有序列的fasta格式，然後進行多序列聯配！