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基因家族分析的方法

發布時間:2022-05-03 21:53:07

❶ 除了化石證據外,研究人類的起源和發展還有什麼方法科學家形成了哪些新觀點

首先因了解生命的起源(五個觀點)
生命起源觀點
1、神創論 生物是由神或上帝創造。
2、自然發生論 隨時地,可以在短時間內完成。
3、生生論 生物生生物,但原始的生物是未知的有神創論的色彩。
4、宇宙生命論 在宇宙長期演變而成(生命是從外星移植到地球上的)
5、在原始的地球條件下通過化學途徑逐漸演變而成的。
方法:
考古學(化石證據)
比較解剖學
細胞學
基因學
分子種系發生遺傳學
純理論方法、
遺跡、遺物的推斷、
壁畫求證、
分子生物學、
關於碳14和DNA研究、
研究與人類親緣關系較近的靈長類動物的胚胎、
唯物辯證法

人類起源:見資料

❷ 怎樣分析基因家族內含子和外顯子基因結構圖或者怎樣看他保守不保守

外顯子和內含子都編碼mRNA,但是內含子的編碼序列會被剪切掉,所以成熟的mRNA中不含內含子轉錄的序列,保不保守應該是看同個物種中此基因片段是否有差異,根據差異大小判斷保守性

❸ 基因突變的分類方法

  1. PCR-SSCP法 PCR-SSCP法是在非這性聚丙烯醯胺凝膠上,短的單鏈DNA和RNA分子依其大街基序列不同而形成不同構象,一個鹼基的改變將影響其構象而導致其在凝膠上的移動速度改變。其基本原理為單鏈DNA在中性條件下會形成二級結構,這種二級結構依賴於其鹼基組成,即使一個鹼基的不同,也會形成不同的二級結構而出刺同的遷移率。由於該法簡單快速,因而被廣泛用於未知基因突變的檢測。用PCR-SSCP法檢測小於200bp的PCR產物時,突變檢出率可達70%-95%,片段大於400bp時,檢出率僅為50%左右,該法可能會存在1%的假陽性率。應用PCR-SSCP法應注意電泳的最佳條件,一般突變類型對檢測的靈敏度無大的影響,同時該法不能測定突變的准確位點,還需通過序列分析來確定。Sarkar等認為對於大於200bp的片段,用其RNA分子來做SSCP會提高其錄敏度。應用PCR-SSCP檢測點突變已見報道於人類大部分的腫瘤組織或細胞,如乳腺癌、食管癌、肺癌、胃癌、肝癌、胰腺癌等。檢測的基因包括多種癌基因及抑癌基因,也是檢測抑癌基因p53突變最常用的方法,僅檢測第5-8外顯子即可發現85%以上的p53基因突變。由於該法簡便快速,特別適合大樣本基因突變研究的篩選工作。

  2. 異源雙鏈分析法(HA) HA法直接在變性凝膠上分離雜交的突變型一野生型DNA雙鏈。由於突變和野生型DNA形成的異源雜合雙鏈DNA在其錯配處會形成一突起,在非變性凝膠中電泳時,會產生與相應的同源雙DNA不同的遷移率。該法與SSCP相似,所不同的是SSCP分離的是單鏈DNA,HA法分離的是雙鏈DNA,也只適合於小片段的分析。但HA對一些不能用SSCP檢出的突變有互補作用,兩者結合使用,可使突變檢出率提高到近100%。

  3. 突變體富集PCR法(mutant-enriched PCR)本法的基本原理是利用ras基因家族某個密碼子部位存在已知的限制性內切酶位點,如K-ras基因第12密碼子的BstNI位點,第13密古巴子有BgⅠⅡ位點。用鏈續二次的巢式PCR來擴增包括K-ras第12、13密碼子的DNA片段,在兩次擴增反應之間用相應的內切酶消化擴增的DNA片段,野生型因被酶切而不能進入第二次PCR擴增,而突變型則能完整進入第二次PCR擴增並得到產物的富集。

  4. 變性梯度凝膠電泳法(denaturing gradinent electrophoresis,DGGE) DGGE法分析PCR產物,如果突變發生在最先解鏈的DNA區域,檢出率可達100%,檢測片段可達1kb,最適圍為100bp-500bp。基本原理基於當雙鏈DNA在變性梯度凝膠中進行到與DNA變性濕度一致的凝膠位置時,DNA發生部分解鏈,電泳適移率下降,當解鏈的DNA鏈中有一個鹼基改變時,會在不同的時間發生解鏈,因影響電泳速度變化的程 而被分離。由於本法是利用溫度和梯度凝膠遷移率來檢測,需要一套專用的電泳裝置,合成的PCR引物最好在5`末端加一段40bp-50bp的GC夾,以利於檢測發生於高熔點區的突變。在DGGE的基礎上,又發展了用濕度梯度代替化學變性劑的TGGE法(溫度梯度凝膠電泳temperature gradient gelelectrophoresis,TGGE)。DGGE和TGGE均有商品化的電泳裝置,該法一經建立,操作也較簡便,適合於大樣本的檢測篩選。

  5. 化學切割錯配法(chemical cleavage of mismatch,CCM)CCM為在Maxam-Gilbert測序法的基礎上發展的一項檢測突變的技術,其檢測突變的准確性可與DNA測序相仿。其基本原理為將待測含DNA片段與相應的野生型DNA片段或DNA和RNA片段混俁變性雜交,在異源雜合的雙鏈核酸分子中,錯配的C能被羥胺或哌啶切割,錯配的T能被四氧化餓切割,經變性凝膠電泳即可確定是否存在突變。該法檢出率很高,也是檢片段最長的方法,已有報功檢測了1.7kb片段,如果同時對正、反義鏈進行分析,檢出率可達100%。應用熒光檢測系統可增強敏感度,可檢測到10個細胞中的1個突變細胞。該法中的化學試劑有毒,又發展了碳二亞胺檢測(catodiimide,CDI),CDI為無毒物質,也可檢測大片段DNA的點突變。

  6. 等位基因特異性寡核苷酸分析法(allele-specific oligonucleotide,ASO) ASO為一種以雜交為基礎對已知突變的檢測技術。以PCR和ASO相結合,設計一段20bp左右的寡核苷酸片段,其中包含了發生突變的部位,以此為探針,與固定在膜上的經PCR拉增的樣品DNA雜交。可以用各種突變類型的寡核苷酸探針,同時以野生型探針為對照,如出現陽性雜交帶,則表運河樣品中存在與該ASO探針相應的點突變,ASO需嚴格控制雜交條件和設置標准對照避免假陽性和假陰性。目前已有商品化的檢測盒檢測部分癌基因ASO突變。

  7. DNA晶元技術(DNA chip) DNA晶元技術是90年代後發展的一項DNA分析新技術,它集合了集成電路計算機、激光共聚焦掃描、熒游標記探針和DNA合成等先進技術。可用於基因定位、DNA測序、物理圖譜和遺傳圖譜的構建等。在基因突變檢測方面DNA晶元也有廣闊的前景,其基本原理為將許多已知序列的寡核苷酸DNA排列在1塊集成電路板上,彼此之間重疊1個鹼基,並覆蓋全部所需檢測的基因,將熒游標記的正常DNA和突變DNA發別與2塊DNA晶元雜交,由於至少存在1個鹼基的差異,正常和突變的DNA將會得到不同的雜交圖譜,經過共聚集顯微鏡分別檢測兩種DNA分子產生的熒光信號,即可確定是否存在突變,該方法快速簡單、片動化程度高,具有很大的發展潛力,將在基因突變檢測中心發揮非常重要的作用。

❹ 怎樣尋找一個基因的家族具體方法。

現在普遍使用的方法是:1.測一個信息量足夠大的基因組/轉錄組2.找到近緣物種已知的基因家族,得到每一個基因的序列信息3.使用這些序列信息在基因組里進行比對4.人為設定一個相似度,高於該相似度的比對結果基本上可以認為是一個基因家族
求採納

❺ dna檢測復雜嗎,有沒有簡單點的方法

基因突變檢測方法
(1) PCR-SSCP法是在非這性聚丙烯醯胺凝膠上,短的單鏈DNA和RNA分子依其大街基序列不同而形成不同構象,一個鹼基的改變將影響其構象而導致其在凝膠上的移動速度改變。其基本原理為單鏈DNA在中性條件下會形成二級結構,這種二級結構依賴於其鹼基組成,即使一個鹼基的不同,也會形成不同的二級結構而出刺同的遷移率。由於該法簡單快速,因而被廣泛用於未知基因突變的檢測。
(2)異源雙鏈分析法(HA) HA法直接在變性凝膠上分離雜交的突變型一野生型DNA雙鏈。由於突變和野生型DNA形成的異源雜合雙鏈DNA在其錯配處會形成一突起,在非變性凝膠中電泳時,會產生與相應的同源雙DNA不同的遷移率。該法與SSCP相似,所不同的是SSCP分離的是單鏈DNA,HA法分離的是雙鏈DNA,也只適合於小片段的分析。
(3)突變體富集PCR法(mutant-enriched PCR)本法的基本原理是利用ras基因家族某個密碼子部位存在已知的限制性內切酶位點,如K-ras基因第12密碼子的BstNI位點,第13密古巴子有BgⅠⅡ位點。用鏈續二次的巢式PCR來擴增包括K-ras第12、13密碼子的DNA片段,在兩次擴增反應之間用相應的內切酶消化擴增的DNA片段,野生型因被酶切而不能進入第二次PCR擴增,而突變型則能完整進入第二次PCR擴增並得到產物的富集。

❻ 家庭基因

家庭基因,跟家族基因是差不多的概念。主要是各成員的基因間的聯系。了解一下一下概念很有幫助。

人體基因組圖譜好比是一張能說明構成每一個人體細胞脫氧核糖核酸(DNA)的30億個鹼基對精確排列的「地圖」。科學家們認為,通過對每一個基因的測定,人們將能夠找到新的方法來治療和預防許多疾病,如癌症和心臟病等。該圖非常形象地把基因家族的各種基因描繪出來。通過使用基因晶元分析人類基因組,可找出致病的遺傳基因。癌症、糖尿病等,都是遺傳基因缺陷引起的疾病。醫學和生物學研究人員將能在數秒鍾內鑒定出最終會導致癌症等的突變基因。基因療法是基於對遺傳物質即核酸的應用。廣義而言,人為地有目的地對人體DNA或RNA進行處理。實際應用上,目前主要在於三個方面。一是跟蹤體內細胞,二是治療疾病,三是預防疾病。
基因識別和親子鑒定
由於人類基因具有唯一性(雙胞胎除外),目前法醫學上用途最廣的方面就是個體識別和親子鑒定。
在法醫學上,STR位點和單核苷酸(SNP)位點檢測分別是第二代、第三代DNA分析技術的核心,是繼RFLPs(限制性片段長度多態性)VNTRs(可變數量串聯重復序列多態性)研究而發展起來的檢測技術。作為最前沿的刑事生物技術,DNA分析為法醫物證檢驗提供了科學、可靠和快捷的手段,使物證鑒定從個體排除過渡到了可以作同一認定的水平,DNA檢驗能直接認定犯罪、為兇殺案、強奸殺人案、碎屍案、強奸致孕案等重大疑難案件的偵破提供准確可靠的依據。隨著DNA技術的發展和應用,DNA標志系統的檢測將成為破案的重要手段和途徑。此方法作為親子鑒定已經是非常成熟的,也是國際上公認的最好的一種方法。【基因檢測】
基因檢測是通過血液、其他體液、或細胞對DNA進行檢測的技術。
基因檢測可以診斷疾病,也可以用於疾病風險的預測。疾病診斷是用基因檢測技術檢測引起遺傳性疾病的突變基因。目前應用最廣泛的基因檢測是新生兒遺傳性疾病的檢測、遺傳疾病的診斷和某些常見病的輔助診斷。目前有1000多種遺傳性疾病可以通過基因檢測技術做出診斷。

如何快速地分析基因結構和基因家族

水稻OsMKK基因家族的結構和表達分析OsMKK是水稻MAPK途徑中位於中游的一個分裂原蛋白激酶激酶基因家族,主要承載著上游信號的匯聚、逐步向下擴散傳遞的作用。它們在水稻生長發育和逆境反應中的功能目前還不很清楚。乾旱、低溫、鹽害等非生物逆境是影響水稻產量的重要因素。本文對OsMKK基因家族的結構進行了生物信息學分析,預測了其可能的生物學功能。並以秈稻品種9311為材料,在低溫、高溫、鹽害、H2O2、ABA、JA、SA下脅迫水稻幼苗。測定了水稻苗期在7種處理下生理指標的變化和OsMKK基因家族的表達模式。最後,討論了它們可能的生物學功能。主要實驗結果如下:1.OsMKK染色體定位、進化樹和基因結構分析表明,OsMKK基因家族的8成員位於4條不同染色體上,分為2大類,A、B、C、D4個亞組。第一大類有3個基因:OsMKK1、OsMKK6、OsMKK3,含有多個內含子和外顯子,其調控形式多樣。第二個大類包括5個基因:OsMKK4、OsMKK5、OsMKK10-1、OsMKK10-2、OsMKK10-3,僅僅含有一個外顯子。OsMKK的sub-domain和motif分析表明,該基因家族都含有11個sub-domain、ATP結合位點,磷酸化位點。除OsMKK10-1,OsMKK10-2和OsMKK10-3外,均含有S/TXXXXXS/Tmotif.2.對OsMKK基因家族5』端ATG上游1.0kb區域啟動子順式作用元件的預測,鑒定了有多個特殊的順式作用元件。如低溫響應元件、熱激響應元件、脫水響應元件、ABA響應元件、JA響應元件、防衛反應響應元件。每個基因均含多個不同的順式作用元件,可能與多個逆境反應相關。3.7種處理對水稻苗期葉片的生理指標變化結果表明,相對電導率、丙二醛和脯氨酸含量的變化趨勢比較吻合。隨脅迫時間的延長,相對電導率增大(除ABA處理外);丙二醛含量都不同程度地增加;脯氨酸含量也呈遞增趨勢(除JA處理外)。說明水稻幼苗隨著脅迫時間的延長,其細胞受脅迫的傷害程度越大。4.OsMKK基因家族在12℃低溫、38℃高溫、250mM鹽、10mMH2O2、50μMABA,50μMJA、1mMSA脅迫下表達具有明顯的誘導特性。12℃低溫處理下,OsMKK4在0-12h表達沒有變化,在24h誘導表達;38℃高溫下,OsMKK3在3h時激活表達,隨後下降。OsMKK4、OsMKK5、OsMKK6在6h表達最強,隨後下降。其它基因的表達在6h時都略有上升;250mM鹽處理下,OsMKK3在1h瞬間誘導表達,表達量達最高值;10mMH2O2處理下,OsMKK4、OsMKK5、OsMKK10-2在1h內就瞬間誘導表達,表達量達最高,隨後下降;50μMABA處理下,OsMKK4、OsMKK5在1h時誘導表達;50μMJA處理下,OsMKK4誘導表達最強,隨著時間增加而增強。其次是OsMKK5,在1h瞬時表達增加,而後不再增加;1mMSA處理下,OsMKK6在6h內受到誘導表達,表達量達最高值。各種逆境對其它基因表達的影響較小。5.OsMKK在水稻莖、葉、葉鞘、幼穗的表達有一定差異。OsMKK1在莖中表達低,其他基因在4個組織中均表達。OsMKK10-2在4個組織中表達量均不高,其它基因在4個組織中均有高有低。

❽ 6,dna點突變常用的檢測方法有哪些

基因突變檢測方法:
(1)
pcr-sscp法是在非這性聚丙烯醯胺凝膠上,短的單鏈dna和rna分子依其大街基序列不同而形成不同構象,一個鹼基的改變將影響其構象而導致其在凝膠上的移動速度改變。其基本原理為單鏈dna在中性條件下會形成二級結構,這種二級結構依賴於其鹼基組成,即使一個鹼基的不同,也會形成不同的二級結構而出刺同的遷移率。由於該法簡單快速,因而被廣泛用於未知基因突變的檢測。
(2)異源雙鏈分析法(ha)
ha法直接在變性凝膠上分離雜交的突變型一野生型dna雙鏈。由於突變和野生型dna形成的異源雜合雙鏈dna在其錯配處會形成一突起,在非變性凝膠中電泳時,會產生與相應的同源雙dna不同的遷移率。該法與sscp相似,所不同的是sscp分離的是單鏈dna,ha法分離的是雙鏈dna,也只適合於小片段的分析。
(3)突變體富集pcr法(mutant-enriched
pcr)本法的基本原理是利用ras基因家族某個密碼子部位存在已知的限制性內切酶位點,如k-ras基因第12密碼子的bstni位點,第13密古巴子有bgⅰⅱ位點。用鏈續二次的巢式pcr來擴增包括k-ras第12、13密碼子的dna片段,在兩次擴增反應之間用相應的內切酶消化擴增的dna片段,野生型因被酶切而不能進入第二次pcr擴增,而突變型則能完整進入第二次pcr擴增並得到產物的富集。

❾ 基因突變檢測方法

基因突變檢測方法:
1.
PCR-SSCP法是在非這性聚丙烯醯胺凝膠上,短的單鏈DNA和RNA分子依其大街基序列不同而形成不同構象,一個鹼基的改變將影響其構象而導致其在凝膠上的移動速度改變。其基本原理為單鏈DNA在中性條件下會形成二級結構,這種二級結構依賴於其鹼基組成,即使一個鹼基的不同,也會形成不同的二級結構而出刺同的遷移率。由於該法簡單快速,因而被廣泛用於未知基因突變的檢測。
2.
異源雙鏈分析法(HA)
HA法直接在變性凝膠上分離雜交的突變型一野生型DNA雙鏈。由於突變和野生型DNA形成的異源雜合雙鏈DNA在其錯配處會形成一突起,在非變性凝膠中電泳時,會產生與相應的同源雙DNA不同的遷移率。該法與SSCP相似,所不同的是SSCP分離的是單鏈DNA,HA法分離的是雙鏈DNA,也只適合於小片段的分析。
3.
突變體富集PCR法(mutant-enriched
PCR)本法的基本原理是利用ras基因家族某個密碼子部位存在已知的限制性內切酶位點,如K-ras基因第12密碼子的BstNI位點,第13密古巴子有BgⅠⅡ位點。用鏈續二次的巢式PCR來擴增包括K-ras第12、13密碼子的DNA片段,在兩次擴增反應之間用相應的內切酶消化擴增的DNA片段,野生型因被酶切而不能進入第二次PCR擴增,而突變型則能完整進入第二次PCR擴增並得到產物的富集。

❿ 某個家族的全基因組鑒定與表達分析具體要做什麼實驗

要做基因家族分析。
通常在學習基因家族分析的過程中會涉及到很多細節性的問題。而在解決這些問題的過程中會逐漸提高學術嚴謹性和高標准。
關於基因家族的分析,生物大類相關方向的研究生都應該掌握,尤其研究生新生。但不能天馬行空,而是應該緊密聯系所在課題組的大方向。因為在進行基因家族分析的過程中,會涉及到很多的生物學概念、分子生物學基礎原理以及基因組相關的知識點,而在實際分析和操作過程中,可以較為深入的理解其中蘊含的分子生物學知識。同時,在學習生物信息學的過程中,多少可以初步掌握一些數據分析和繪圖製表的基礎。

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