① NCBI的使用和進化樹構建求助
因此NCBI 的分類學資料庫不是一個系統發育或分類學的「專家資料庫」（Wheeler et al., 2000）。
獲取序列所對應的分類學信息有兩種方法。
一種方法，從NCBI 網站下載gi與taxid 對應表，在Taxonomy 資料庫的FTP 地址下載。這個目錄下有多個壓縮文件，其中針對Windows 操作系統的兩個針對蛋白質序列和核苷酸序列的壓縮文件分別是gi_taxid_prot.dmp.gz 和gi_taxid_nucl.dmp.gz 文件。這兩個文件都只有兩列，左邊為gi 號，右邊為Taxid。由於這些文件非常大，因此用瀏覽器來打開這些文件幾乎是不可能的。隨著時間的推移，這兩個文件會越來越大，不過速度不會是指數增長的，並且在美國東部時間的每個星期一2：00 am NCBI 會對其進行更新。
對於Windows 用戶還有一個文件稱為taxmp.zip 文件。文件解壓縮後包括1 個*.prt 文件和6 個*.dmp 文件。Gencode.dmp 文件保存有不同的密碼子表，與同目錄的gc.prt 聯合使用；merged.dmp 是保存有合並的taxid 號的對應表；nodes.dmp 是結點信息；division.dmp 是較大的幾個分類；names.dmp 結點名稱信息，每個id 對應多行。這些數據被Phylogenie 軟體包中的blammer 程序用於構建進化樹。
利用ftp 地址的連接利用Http 或ftp 方式將文件下載到本地，通過本地程序或腳本搜索文本，來建立gi 號與Taxid 之間的聯系（圖）。這種方法比較適合於在線服務的Web 形式的程序，通過在本地不斷地及時更新程序就可以完成這項工作。
第二種方法是對Taxonomy 資料庫進行API 分析。
② 如何使用NCBI查找基因
1 打開NCBI主頁
2 左邊search裡面選擇GENE 右邊的對話框里輸入你想要的基因名稱
3 在出來的所有條目第一行後面都有種屬表明，比如Homo sapiens是人Felis catus是貓。選擇你想要的種屬。
4 再出現的頁面中找到那個像數軸的圖，在左側有可以點擊的藍色數字，往往開頭有AK、NM的開頭，點擊它，再出現的下拉框里選擇GENEBANK。
5 最下面就是他的基因序列 當然也可以參考頁面上提供的CDS區域范圍來看。
③ NCBI的使用方法
制定條件查找：
1。search中選擇GENE，在for後填寫唐朝
2.在for後填寫武漢人
3.在for後填寫mtDNA
最後 在for 後填寫 #1 AND #2 AND #3（必須大寫 中間有空格）就這樣交叉查詢
④ 如何使用NCBI工具
CDS(coding sequence)序列是編碼序列，是用來編碼蛋白質的那段序列。 在NCBI Nucleotide中輸入你要查詢的基因，點擊查詢的序列 在出現的結果中，有CDS 這一項，底下的核酸序列就是該基因的蛋白編碼區。 Enjoy it!
⑤ 生物信息學 NCBI的使用
在生物醫學信息學領域，資料庫和服務的定義與計算機領域有很大的不同，如果要問NCBI過去，現在或將來會有多少資料庫，恐怕連NCBI自己都說不清楚。要是一個一個資料庫講下來，9999個字肯定不夠用。這里有一個列表供您參考http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/all/。
NCBI的產生和發展是在美國和全球生物學高速發展，高通量數據急速產生，而缺乏有效的數據分析方法的背景下產生，起初它主要任務是數據的存儲和查詢。只不過其存儲的數據大多以高通量數據為主，例如基因測序，基因組，SNP, 基因晶元,小分子化合物和GWAS數據等。這些數據的共享，極大地促進了生物信息學發展。
按照數據->樣式->知識->智慧的發展模式，NCBI主要起到了一個為生物學家提供數據的角色。不過，NCBI目前也不斷地在調整自己的角色。例如，生物醫學文獻。NCBI在從NLM繼承過來的pubmed的基礎，提供以PMC資料庫為核心的全文文獻服務。PubMed資料庫應該是全球生物學家使用頻率最高的資料庫。NCBI最近對pubmed的改版，雖然沒有實質性的改變，但其按照用戶體驗進行的修改，足見其對該資料庫的重視。
另外，NCBI目前不斷地在引入高學歷生物學人才對其資料庫的質量進行控制。以dbSNP為例，其正在通過與領域專家的合作將突變數據與人類表型數據進行關聯。
總得來講，NCBI的發展是與生物學高通量數據產生密切相關，它以經不在局限於提供數據存儲與查詢，其未來的發展必將發展為一個大型的、綜合的知識庫。到那時NCBI會不會免費，就要另當別論了。很顯然沒有人會將自己的手稿拱手讓人。如果真有那麼一天，不知道從中會產生多少專利和知識產權。
⑥ NCBI怎樣使用
首先打開ncbi主頁
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
在搜索框左邊的下拉菜單選擇"Gene"，並輸入要找的基因名稱（最好是正式名稱/縮寫或者常用名稱），例如想找人的超氧化物歧化酶1的基因，就輸入Superoxide dismutase 1或者sod1，然後點"Search"，在結果頁面里選擇智人[Homo sapiens]的對應結果即可進入超氧化物歧化酶1的基因報告頁面（為了減少多餘的結果，也可以把human/mouse/rat之類的物種名加入關鍵詞，用拉丁名homo/mus/rattus也可以）。
在基因報告頁面里具體的基因組/mRNA/蛋白的信息可以將滑鼠移動到基因圖示的基因名上面，顯示的下拉菜單里按第三個按鈕，向下箭頭，顯示更多信息里有相關鏈接；另外也可以通過頁面中間部分的"NCBI reference sequences"找到對應的鏈接。
呃……看不懂英文就沒法幫你了，找個詞典吧！
⑦ ncbi怎麼用
ncbi使用教程
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2016-11-04 19054人看過
NCBI (National Center for Biotechnology Information）是指美國國立生物技術信息中心。理解自然無聲但精妙的關於生命細胞的語言是現代分子生物學的要求。通過只有四個字母來代表DNA化學亞基的字母表，出現了生命過程的語法，其最復雜形式就是人類。闡明和使用這些字母來組成新的「單詞和短語」是分子生物學領域的中心焦點。數目巨大的分子數據和這些數據的隱秘而精細的模式使得計算機化的資料庫和分析方法成為絕對的必須。挑戰在於發現新的手段去處理這些數據的容量和復雜性，並且為研究人員提供更好的便利來獲得分析和計算的工具，以便推動對我們遺傳之物和其在健康和疾病中角色的理解。在生物學研究中，NCBI提供了大量的生物信息分析工具以及文獻。所以學號檢索方法是進入新生物學領域的必備技能。Blast工具、PubMed文獻資料庫等。
工具/原料
瀏覽器 NCBI網址
方法/步驟
1/9 分步閱讀
首先進入NCBI主頁。
Map view演示，主要是找到相關基因在染色體上的位置，以人類IL-6基因為例。
點擊Map View
查看剩餘1張圖
2/9
選擇物種，點擊Go；
設置filter，過濾信息；
點擊Genes seq查詢序列
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3/9
最後進入序列下載頁面，可以直接下載。可以選擇多種格式，一般選擇fasta。
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通過clone查詢相關基因的cDNA序列
選擇clone資料庫，search基因描述。
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5/9
對基因的蛋白質序列和mRNA查詢。
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也可對序列進行查詢。基因組展示。
查看剩餘1張圖
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也可以查詢序列信息。
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8/9
查詢已知引物，通過probe資料庫搜索。
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同源性比對blast。有多種比對方式。DNA,RNA,Protein等比對模式，排列越高表示同源性越強。也可以進行引物比對。
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注意事項
簡單演示仍需深入了解
21世紀是生物科學的世紀
軟體 NCBI
編輯於2016-11-04，內容僅供參考並受版權保護
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bsci認證機構哪家好?
⑧ 如何使用NCBI的Map Viewer
Map viewer是NCBI網站上提供的一個非常有用的尋找基因的工具，通過Map viewer你可以了解你感興趣基因在基因組中所處的位置、基因序列、內含子及外顯子的排列、基因的細胞遺傳學圖、EST.SNP等等許多有用的信息。進 入Mapviewer的方法如下：點擊NCBI首頁的Map viewer
進入Map viewer的首頁，在Search下拉框內選擇你尋找基因的生物種類【eg：Homo sapiens(human)】在後面輸入你基因的名稱（eg：hcn4）或者是關鍵詞【hypertension】單擊go 。如果下圖顯示不清，可單擊圖形放大觀看。
出現下圖，圖中用紅色斷棒給出標記的地方即為hcn4基因所處的位置，在找到hcn4基因的染色體下給出一紅色數字1。圖形顯示不清可單擊圖形放大。
單擊標記染色體下面的藍色數字出現下圖，圖中給出hcn4基因及其周邊基因的信息，hcn4自動標記。我用棕黃色框標記部分為綠色框中一系列縮寫的解釋，你可以通過點擊縮寫(sv、dl等)執行相應的功能。
點擊dl出現下圖，單擊Save to disk可將你要的基因的序列存檔。Map viewer的功能比較強大，看完以上的介紹後如果你覺得對你的工作有幫助的話，可參看Map viewer的幫助文件
⑨ 如何注冊ncbi
你先進NCBI主頁，之後點一下 MY NCBI ，在 Use name 處填寫你自己想取的用戶名（相當於網名），在其下方輸入密碼（自己設定） ， 然後點一下 SIGN IN 即可。
NCBI (National Center for Biotechnology Information )是指美國國立生物技術信息中心。理解自然無聲但精妙的關於生命細胞的語言是現代分子生物學的要求。通過只有四個字母來代表DNA化學亞基的字母表，出現了生命過程的語法，其最復雜形式就是人類。闡明和使用這些字母來組成新的"單詞和短語"是分子生物學領域的中心焦點。數目巨大的分子數據和這些數據的隱秘而精細的模式使得計算機化的資料庫和分析方法成為絕對的必須。挑戰在於發現新的手段去處理這些數據的容量和復雜性，並且為研究人員提供更好的便利來獲得分析和計算的工具，以便推動對我們遺傳之物和其在健康和疾病中角色的理解。
拓展資料：
ncbi的使命包括四項任務:
1.建立關於分子生物學，生物化學，和遺傳學知識的存儲和分析的自動系統
2.實行關於用於分析生物學重要分子和復合物的結構和功能的基於計算機的信息處理的，先進方法的研究
3.加速生物技術研究者和醫葯治療人員對資料庫和軟體的使用。
4.全世界范圍內的生物技術信息收集的合作努力。
NCBI通過下面的計劃來實現它的四項目的:
NCBI有一個多學科的研究小組包括計算機科學家，分子生物學家，數學家，生物化學家，實驗物理學家，和結構生物學家，集中於計算分子生物學的基本的和應用的研究。這些研究者不僅僅在基礎科學上做出重要貢獻，而且往往成為應用研究活動產生新方法的源泉。他們一起用數學和計算的方法研究在分子水平上的基本的生物醫學問題。這些問題包括基因的組織，序列的分析，和結構的預測。目前研究計劃的一些代表是:檢測和分析基因組織，重復序列形式，蛋白domain和結構單元，建立人類基因組的基因圖譜，HIV感染的動力學數學模型，資料庫搜索中的序列錯誤影響的分析，開發新的資料庫搜索和多重序列對齊演算法，建立非冗餘序列資料庫，序列相似性的統計顯著性評估的數學模型和文本檢索的矢量模型。另外，NCBI研究者還堅持推動與NIH內部其他研究所及許多科學院和政府的研究實驗室的合作。