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一條序列可以進化分析方法

發布時間:2025-06-13 18:23:53

A. 基因的共線性分析怎麼做,做進化分析

簡單一些的,直接去找MCScanX這個軟體,按照軟體說明,使用基因組的蛋白序列進行blastp比對,比完之後直接作為這個軟體的輸入文件運行分析,這個軟體也提供了一些後續分析手段。
復雜一些,共線性分析通常分成兩大步驟,第一個是尋找同源對應關系,前面說的blastp就是一個方法,還有文獻會在blastp的基礎上,進一步設定計算公式以獲取篩選過的、更可靠的對應關系,找個基因組文章看看,一般都有。第二個步驟是在對應關系基礎上搜索共線性,也有兩個選擇,一個是精確要求基因順序具有排列上的共線性,另一個是根據基因的順序,將基因分組(數個基因作為一個單元),允許單元內部基因共線性有差異,但在單元間具有共線性,這種就是所謂的「同線性」關系。
軟體很多的,MCScanX及其原型MCScan,還有MCScan的原型,貌似lastz、last等軟甲還可以比較DNA水平上的共線性關系,我是覺得MCScanX最簡單,所以就給你推薦了。

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