A. 基因的共線性分析怎麼做，做進化分析
簡單一些的，直接去找MCScanX這個軟體，按照軟體說明，使用基因組的蛋白序列進行blastp比對，比完之後直接作為這個軟體的輸入文件運行分析，這個軟體也提供了一些後續分析手段。
復雜一些，共線性分析通常分成兩大步驟，第一個是尋找同源對應關系，前面說的blastp就是一個方法，還有文獻會在blastp的基礎上，進一步設定計算公式以獲取篩選過的、更可靠的對應關系，找個基因組文章看看，一般都有。第二個步驟是在對應關系基礎上搜索共線性，也有兩個選擇，一個是精確要求基因順序具有排列上的共線性，另一個是根據基因的順序，將基因分組（數個基因作為一個單元），允許單元內部基因共線性有差異，但在單元間具有共線性，這種就是所謂的「同線性」關系。
軟體很多的，MCScanX及其原型MCScan，還有MCScan的原型，貌似lastz、last等軟甲還可以比較DNA水平上的共線性關系，我是覺得MCScanX最簡單，所以就給你推薦了。