方法一：外科拔甲法
適用於僅有一個灰指甲的患者。在局部麻醉下，醫生會拔除患病的趾甲。此外，還可以使用化學葯物去除病甲，如塗抹40%尿素軟膏包裹病甲，每日更換葯物一次，通常經過5到7次換葯後，病甲會軟化並與甲床分離，此時可將其拔除。
方法二：內服葯物治療
當灰指甲損害嚴重且病甲數量較多時，可採取內服葯物治療。常用的葯物包括：
1. 伊曲康唑（斯皮仁諾膠囊）：每日口服200毫克，早餐和晚餐後各服一粒，連續服用1周後停葯，3周為一個療程。
2. 氟康唑（大扶康）：每日口服150毫克，通常需要連續服用3到6個月。
方法三：外用葯物治療
1. 使用10%碘酒、6%水楊酸、30%冰醋酸外塗：可選擇上述三種塗液中的一種，每日塗抹病甲1到2次。用葯前應先將病甲刮薄，堅持塗抹直至新甲生長出來，通常需治療3到6個月。
2. 使用8%環吡酮胺軟膏外塗：每日塗抹病甲2次。堅持塗抹直至新甲生長出來，通常需治療3到6個月。