Ⅰ 如何预测miRNA的靶基因
预测miRNA的靶基因，是研究miRNA功能和调控网络的关键步骤。以下为常用预测方法：
首先，基于序列匹配的方法通过比较miRNA序列与靶基因3'非翻译区（3' UTR）序列，寻找互补配对的miRNA靶位点。常用工具如TargetScan、miRanda、PicTar等。
其次，基于保守性的方法利用跨物种基因组序列比对，预测miRNA靶位点上的保守序列区域，识别可能的靶基因。PhyloP、PhastCons等工具适合进行此类保守性分析。
再者，基于结构的方法考虑miRNA与靶基因的结构和稳定性，通过预测二级结构和自由能等参数，预测结合位点。RNAhybrid、miRanda等工具支持结构预测。
最后，集成方法综合运用多种预测方法，结合序列匹配、保守性和结构信息，提高靶基因预测准确性。
值得注意的是，miRNA靶基因预测存在不确定性。为验证预测，常通过实验方法如Luciferase reporter assay、Western blotting、qPCR等。同时，利用公开的miRNA和基因表达数据进行miRNA与靶基因关系分析，有助于验证预测结果。