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檢測增強子活性的實驗方法

發布時間:2023-02-14 23:01:41

㈠ 細胞活性檢測的方法有多少種 每種的原理是什麼

在目前的細胞活性檢測方法中,MTT法是較早且較為經典的方法。但是,由於MTT法形成的甲物是非水溶性的,需要加有機溶劑溶解,這不僅增加了研究人員的工作量,也給實驗帶來了一定的誤差。在這里我們向大家介紹一種國外最新檢測方法—CCK-8法,它具有方便、靈敏、快速、無放射性、重復性好的特點。現在已廣泛用於細胞增殖檢測、細胞毒性檢測、葯物篩選、葯敏試驗等。

另外還將向大家介紹幾種氧化應激和蛋白質抗體標記的新方法。
內容:
1、新型細胞活性檢測方法介紹
2、國外氧化應激測定方法介紹
3、蛋白質抗體標記的新方法介紹

原理恕在下不知

㈡ STARR-seq

STARR-seq:Self-transcribing active regulatory region sequencing

STARR-seq是一種大規模平行報告分析法,用於直接根據轉錄增強子在整個基因組中的活性來識別轉錄增強子,並定量評估增強子活性。

STARR seq是如何工作的?

增強子是能與TF轉錄組因子結合、增強基因轉錄效率、不受方向和距離影響的DNA序列。

DNA可及性、組蛋白修飾、轉錄因子、輔因子結合可用來表徵增強子,但不能直接證明增強子功能以及量化增強子活性。

由於增強子活性與潛在的DNA序列直接相關,可通過深度測序在細胞RNA中測量結果報告轉錄物的存在。

具體而言,DNA片段被克隆到核心啟動子下游和報告基因的3′UTR中。活性增強子將自我轉錄並成為最終報告轉錄本的一部分(圖1A)。這種設置允許在一個高度復雜的報告文庫中同時測試數百萬個DNA序列,並確保所識別的序列作為真正的增強子(而不是例如啟動子)從遠程位置激活轉錄(圖1A)。

圖1.1 STARR-seq pipeline。首先,從任意的DNA源克隆一個報告庫,可以超聲基因組DNA進行全面的基因組篩選。將報告者文庫轉染培養細胞,24小時後從總RNA池中分離報告者轉錄本。對自轉錄序列進行cDNA合成和PCR擴增後,進行深度測序,得到的reads被映射到參考基因組。報告基因的富集直接和定量地反映了活性的增強。

STARR seq的特點

STARR-seq是一種異位的、基於質粒的檢測方法,所測得的活性直接反映增強子序列的調節能力。

該測量不受候選序列在轉錄本中的位置或其方向的影響,並准確反映了細胞信號(如激素治療)後的活動變化,突出了其外膜反應性。

STARR-seq不太可能受到隨機基因組整合引起的位置效應的影響。

對於大多數細胞類型而言,STARR-seq的時間范圍為單個細胞周期或更少。

STARR-seq還可以測量不可接近染色質內序列的增強子活性。

STARR-seq是用來解決基因調控的長期和基本問題的強有力工具。

活性增強子的DNA序列特徵

STARR seq的全基因組增強子活性圖譜提供了大量功能性增強子序列和陰性對照。這組獨特的增強子使我們能夠通過計算分析得出順式調節序列規則以及功能性重要的TF結合基序,從而解釋細胞類型特異性增強子功能,此外,STARR-seq能夠識別一類新的增強子序列元件(二核苷酸重復基序,dinucleotiderepeat motifs,DRM),這對廣泛活性增強子的活性非常重要。

應用拓展

觀察增強子強度的動態變化並確定因果調節區域。

STARR-seq與CRISPRi的輔因子破壞相結合或者與小分子抑制劑結合,可以揭示某些輔因子在癌症中的作用。其中一些特別有趣的因子,可能成為癌症治療的重要靶點。

STARR-seq將在體內應用於不同的組織和細胞類型。

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㈢ 細胞活性檢測的方法有多少種 每種的原理是什麼

簡單說幾個把

  1. 染色體法 主要在培養基中利用死活細胞對燃料親和力不同 來判斷

  2. 克隆形成實驗 原理是單個細胞在體外增至六代後,後代形成的細胞群體 ,通過計算其克隆形成率 來判斷

  3. 比色法 也是比較經典的 M,RR 活體細胞中的線粒體中的琥珀酸脫氫酶可以將M,rr還原成藍紫色的結晶甲醋 死細胞無此功能

㈣ 在細胞內增強基因編碼產物(蛋白質)活性的實驗手段有哪些

凝膠阻滯實驗,甲基化干擾實驗。
1、凝膠阻滯實驗是在八十年代初期出現的用於在體外研究DNA與蛋白質相互作用的一種特殊的凝膠電泳技術。
2、甲基化干擾實驗(Methylation-interference-assay)是根據DMS(硫酸二甲酯)能夠使DNA分子中裸露的鳥嘌呤(G)殘基甲基化,而六氫吡啶又會對甲基化的G殘基作特異性的化學切割這一原理設計的另一種研究蛋白質同DNA相互作用的實驗方法。

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