轉錄組研究內容和方法

① 轉錄組學名詞解釋

轉錄組學是指一門在整體水平上研究細胞中基因轉錄的情況及轉錄調控規律的學科。轉錄組學是從RNA水平研究基因表達的情況。轉錄組即一個活細胞所能轉錄出來的所有RNA的總和，是研究細胞表型和功能的一個重要手段。

② 什麼是轉錄組分析

轉錄組分析指對細胞內所有轉錄產物的集合的分析。

轉錄組（transcriptome）廣義上指某一生理條件下，細胞內所有轉錄產物的集合，包括信使RNA、核糖體RNA、轉運RNA及非編碼RNA；狹義上指所有mRNA的集合。

轉錄組測序一般是對用多聚胸腺嘧啶（oligo-dT）進行親和純化的RNA聚合酶II轉錄生成的成熟mRNA和ncRNA進行高通量測序。

相對於傳統的晶元雜交平台，轉錄組測序無需預先針對已知序列設計探針，即可對任意物種的整體轉錄活動進行檢測，提供更精確的數字化信號，更高的檢測通量以及更廣泛的檢測范圍，是目前深入研究轉錄組復雜性的強大工具。

(2)轉錄組研究內容和方法擴展閱讀：

轉錄組測序的技術路線：

樣品要求：

1、樣品純度要求： total RNAOD值應在1.8至2.2之間；電泳檢測28S:18S至少大於1.5。

2、樣品濃度： total RNA濃度不低於400ng/ul；樣品總量不低於15ug;目前最新的樣品建庫要求降低到1ug,濃度大於50ng/ul即可。

3、提供total RNA樣品具體濃度、體積、制備時間、溶劑名稱及物種來源。請同時附上QC數據，包括電泳膠圖、分光光度或Nanodrop儀器檢測數據。如需進行多次樣品制備，需要提供多次樣品制備所需樣品。

③ 「基因組」「蛋白組」「轉錄組」「代謝組」的異同

基因組：以生物體所有的核酸為研究對象，狹義的基因組定義為生命體的全套DNA，廣義的基因組則包含DNA、mRNA、lncRNA等參與到基因表達調控的所有核酸序列。其主要研究手段為基因測序，以華大基因為代表。轉錄組通常可認為是基因組的簡化研究手段，即所有轉錄本的集合。

蛋白組：生物體基因組所編碼的全套蛋白質。鑒於蛋白質表達的時空特異性，各組織器官或者特定亞細胞結構器（如線粒體、葉綠體），甚至是外泌蛋白，也可以成為一個蛋白組。所以蛋白質組是信號轉導、分子發育最為直接的手段。其主要研究手段為生物質譜，在國內以牟合蛋白為典型。

代謝組：生物體內源性代謝物質的動態整體，通常只涉及相對分子質量約小於1000的小分子代謝物質。因其與蛋白質組一樣可以很好的指針細胞、機體的生命活動狀態，所以常常被用作臨床生物標志物的篩選。目前，代謝組的研究也只能藉助生物質譜完成。

下面這幅圖能夠很好的呈現基因、代謝、生命活動間的關系:

Figure. Genomic-Proteomic-Phenotype

④ 什麼叫轉錄組、轉錄組學研究轉錄組學有何意義

廣義轉錄組是指生命單元(通常是一種細胞)中所有按基因信息單元轉錄和加工的RNA分子(包括編碼和非編碼RNA功能單元)，或者是一個特定細胞所有轉錄本的總和。它的研究對象就是這些RNA與蛋白質分子和它們所組成的基因功能網路以及它們與細胞功能的關系。而狹義轉錄組是指可直接參與翻譯蛋白質的mRNA總和。研究生物細胞中轉錄組的發生和變化規律的科學就稱為轉錄組學(tran—scriptomics)。
(二)轉錄組學的意義1．轉錄組譜可以提供特定條件下某些基因表達的信息，並據此推斷相應未知基因的功能，揭示特定調節基因的作用機制。2．通過基於基因表達譜的分子標簽，不僅可以辨別細胞的表型歸屬，還可以用於疾病的診斷。3．轉錄組的研究應用於臨床的另一個例子是可以將表面上看似相同的病症分為多個亞型，尤其是對原發性惡性腫瘤，通過轉錄組差異表達譜的建立，可以詳細描繪出患者的生存期以及對葯物的反應等。

⑤ 轉錄組轉錄組研究方法有哪些

研究主要指具體的研究方法、手段和工具。每一課題都要有相應的研究方法，一般可以採取綜合的方法，或者以一種方法為主，其它方法為輔。這樣有利於收集多方面的信息，可以得到可靠的結論。下面介紹課題中常用的幾種研究方法。 一、行動研究法 1、行動研究是由社會情境（包括教育情境）的參與者為提高對所從事的社會的或教育實踐的理性認識，為加深對實踐活動及其背景的理解所進行的反思研究。行動研究的核心是自我反思的螺旋式行進過程，包括計劃行動觀察反思幾個步驟 。 2、行動研究有這樣兩個鮮明的特點： （1）以提高行動質量、改進實際工作、解決現實問題為首要目標 。 （2）主要研究人員就是實踐者，強調研究過程與行動相結合， 行動研究法可采 取這些步驟： a.選擇問題 即對學校在教育、教學上存在的問題進行調查分析，對問題作出歸納、分類，形成一定時期內要通過研究解決的問題。教師從眾多的問題中概括出具有普遍性和研究價值的問題，通過討論和交流，初步形成各年級或各門學科以及各人的主要問題，形成一個時期學校需要重點解決的問題群。 b.理論探討即從教育理論中有針對性地選取最合適的內容，為解決篩選出的問題提供理論指導和操作規范，從而保證行動研究的正確性。如有專業人員參與，則專家要根據教師選出的問題，尋找與問題相關的理論，有針對性地向教師介紹，讓教師了解與問題相關的教育理論，通過組織教師學習、討論，教師結合自己的教育教學實踐進一步從中選出適合自己需要的教育理論。 c.實施和反思 即教師按照計劃、行動、觀察和反思的順序，創造性地運用自己已經選擇的、有針對性的教育理論，解決具體教育教學問題，改善教育教學工作，並對實踐的結果作出總結和反思。行動研究的目標是在實施和反思這一階段實現的，它是行動研究的關鍵階段。這一環節需要教師撰寫開展行動研究、總結實踐經驗的論文，為繼續開展行動研究提供參考。 二、觀察法 是指研究者通過感官和輔助儀器，有目的、有計劃地對處於自然情境下的客觀事物進行系統感知觀察的一種科學研究方法。 1、觀察法的分類 ： （1）按照觀察的情境條件來分，可以分為自然情境中的觀察與實驗室觀察 ； （2）按觀察者是否直接參與被觀察者所從事的活動，可分為參與式觀察與非參與式觀察 。 （3）按觀察實施的方法，可分為結構式觀察與非結構式觀察。 結構式觀察預設有明確的目標、所要觀察的問題以及大致范圍，有較詳細的觀察計劃、步驟以及合理設計的可控性觀察，能獲得翔實的材料，並能對觀察資料進行定量分析和對比研究。 2、觀察法的步驟： （1）明確觀察的目的和意義（在觀察中要了解什麼，情況，搜集哪些方面的事實材料），確定觀察對象、時間、地點、內容和方法。 （2）搜集有關觀察對象的文獻資料，對所要觀察的條件有一個一般的認識。 （3）編制觀察提綱。對觀察內容進行明確分類，並確定觀察的重點。 （4）實施觀察。該步要做到有計劃、有步驟、全面而系統地觀察。 （5）記錄並收集資料。 （6）分析資料，得出結論。 3、觀察法的記錄 （1）實地筆記，專門記錄觀察者看到和聽到的事實性內容； （2）個人筆記，用來記錄觀察者個人在實地觀察時的感受和想法； （3）方法筆記，記錄觀察者所使用的具體方法及其作用； （4）理論筆記，用於記錄觀察者對觀察資料進行的初步理論分析。 三、調查法 調查法是指在教育過程中研究者憑借一定的手段或方法對一些教育現象或事實進行考察，通過對收集到的各種事實資料的分析處理，進而得出結論的一種研究方法。 四、文獻法 通過查閱文獻資料了解、證明所要研究對象的方法。

⑥ 轉錄組學的簡介

以DNA為模板合成RNA的轉錄過程是基因表達的第一步，也是基因表達調控的關鍵環節。所謂基因表達，是指基因攜帶的遺傳信息轉變為可辨別的表型的整個過程。與基因組不同的是，轉錄組的定義中包含了時間和空間的限定。同一細胞在不同的生長時期及生長環境下，其基因表達情況是不完全相同的。通過測序技術揭示造成差異的情況，已是目前最常用的手段。人類基因組包含有30億個鹼基對，其中大約只有5萬個基因轉錄成mRNA分子，轉錄後的mRNA能被翻譯生成蛋白質的也只佔整個轉錄組的40%左右。通常，同一種組織表達幾乎相同的一套基因以區別於其他組織，如：腦組織或心肌組織等分別只表達全部基因中不同的30%而顯示出組織的特異性。
轉錄組譜可以提供什麼條件下什麼基因表達的信息，並據此推斷相應未知基因的功能，揭示特定調節基因的作用機制。通過這種基於基因表達譜的分子標簽，不僅可以辨別細胞的表型歸屬，還可以用於疾病的診斷。例如：阿爾茨海默病(Alzheimer′s diseases, AD)中，出現神經原纖維纏結的大腦神經細胞基因表達譜就有別於正常神經元，當病理形態學尚未出現纖維纏結時，這種表達譜的差異即可以作為分子標志直接對該病進行診斷。同樣對那些臨床表現不明顯或者缺乏診斷金標準的疾病也具有診斷意義，如自閉症。對自閉症的診斷要靠長達十多個小時的臨床評估才能做出判斷。基礎研究證實自閉症不是由單一基因引起，而很可能是由一組不穩定的基因造成的一種多基因病變，通過比對正常人群和患者的轉錄組差異，篩選出與疾病相關的具有診斷意義的特異性表達差異，一旦這種特異的差異表達譜被建立，就可以用於自閉症的診斷，以便能更早地，甚至可以在出現自閉症臨床表現之前就對疾病進行診斷，並及早開始干預治療。轉錄組的研究應用於臨床的的另一個例子是可以將表面上看似相同的病症分為多個亞型，尤其是對原發性惡性腫瘤，通過轉錄組差異表達譜的建立，可以詳細描繪出患者的生存期以及對葯物的反應等等。
用於轉錄組數據獲得和分析的方法主要有基於雜交技術的晶元技術包括cDNA晶元和寡聚核苷酸晶元，基於序列分析的基因表達系列分析SAGE （serial analysis of gene expression，SAGE）和大規模平行信號測序系統MPSS(massively parallel signature sequencing,MPSS)。

⑦ 怎樣在轉錄組基礎上研究一個基因的功能和進化

轉錄組學（transcriptomics），是一門在整體水平上研究細胞中基因轉錄的情況及轉錄調控規律的學科。簡而言之，轉錄組學是從RNA水平研究基因表達的情況。轉錄組即一個活細胞所能轉錄出來的所有RNA的總和，是研究細胞表型和功能的一個重要手段。轉錄組測序的研究對象為特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有RNA的總和，主要包括
mRNA和非編碼RNA
。轉錄組研究是基因功能及結構研究的基礎和出發點，通過新一代高通量測序，能夠全面快速地獲得某一物種特定組織或器官在某一狀態下的

⑧ 轉錄組測序研究怎麼做

首先需要做的是將測出來的readsmapping到基因組上，與此同時可以得到數據mapping比例等信息，依靠這些信息可以進行數據質量的分析，然後還可以統計每個基因的表達情況，如果是比較不同樣本之間的轉錄組，則可以進行差異表達基因的分析

⑨ 轉錄組測序流程步驟是哪些

以真核轉錄組測序為例，實驗流程為總RNA提取-mRNA分離-建庫試劑-定量-文庫回收-橋式擴增-上機測序；項目分析流程為數據產出數據=數據去雜-轉錄組拼接-SSR分析及SNP分析-基因功能注釋-基因表達差異分析-差異基因表達模式聚類-差異基因富集分析。

⑩ 比較概述基因組學、轉錄組學、蛋白質組學和代謝組學的概念、研究方法、優缺點及應用設想

組學omics，研究的是整體. 按照分析目標不同主要分為基因組學，轉錄組學，蛋白質組學，代謝組學。
基因組學研究的主要是基因組DNA，使用方法目前以二代測序為主，將基因組拆成小片段後再用生物信息學演算法進行迭代組裝。當然這僅僅是第一步，隨後還有繁瑣的基因注釋等數據分析工作。
轉錄組學研究的是某個時間點的mRNA總和，可以用晶元，也可以用測序。晶元是用已知的基因探針，測序則有可能發現新的mRNA,
蛋白組學針對的是全體蛋白，組要以2D-Gel和質譜為主，分為top-down和bottom-up分析方法。理念和基因組類似，將蛋白用特定的物料化學手段分解成小肽段，在通過質量反推蛋白序列，最後進行搜索，標識已知未知的蛋白序列。
代謝組分析的代謝產物，是大分子和小分子的混合物，主要也是用液相和質譜。
總而言之，這些技術都想從全局找變數，都是一種top-down的研究方法，原因很簡單：避免『只緣身在此山中』的尷尬。
但因為技術局限，都各有缺點，尤其是轉錄組和蛋白組數據，基本上顛覆了以前一直認為的mRNA水平能代表蛋白水平的觀念，因為這兩組數據的重合度太低。
所以目前很多研究都開始使用交叉驗證方法。
無論如何，都需要對數據進行分析，有經驗的分析往往能化腐朽為神奇。