Ⅰ 真菌多樣性分析ITS序列
ITS序列，即內源轉錄間隔區，是位於真菌18S、5.8S和28S rRNA基因之間的序列，分為ITS 1和ITS 2兩部分。在真菌多樣性分析中，ITS序列由於在進化過程中能容忍更多變異，展現出廣泛序列多態性，且在不同物種間差異明顯，有助於種屬及菌株間的區分。同時，ITS序列相對較小，便於分析，目前廣泛應用於真菌不同種屬的系統發育研究。
高通量測序技術在真菌多樣性分析中扮演重要角色。當前常用的平台包括Illumina、BGI、PacBio和Thermo Ion S5等。其中，Illumina以其長讀長、短測序周期和高通量的特性，成為研究真菌ITS序列的首選平台。微基生物是國內採用Illumina-MiSeq 2×300 bp平台進行微生物生態研究的先驅，其最大讀長可達550 bp，能有效覆蓋ITS 1和ITS 2序列，進行深入分析。
在生物信息和統計分析階段，高通量測序數據進行後續處理。研究團隊可通過整合宏基因組學、代謝組學等多組學技術，深入解析自發發酵普洱茶微生物群落。以一項關於普洱茶微生物群落的研究為例，研究者利用Illumina MiSeq平台對V4V5和ITS 1區域進行測序，最終揭示了微生物組分及其功能，為普洱茶發酵過程的微生物多樣性提供了科學依據。