① NCBI的使用和进化树构建求助
因此NCBI 的分类学数据库不是一个系统发育或分类学的“专家数据库”（Wheeler et al., 2000）。
获取序列所对应的分类学信息有两种方法。
一种方法，从NCBI 网站下载gi与taxid 对应表，在Taxonomy 数据库的FTP 地址下载。这个目录下有多个压缩文件，其中针对Windows 操作系统的两个针对蛋白质序列和核苷酸序列的压缩文件分别是gi_taxid_prot.dmp.gz 和gi_taxid_nucl.dmp.gz 文件。这两个文件都只有两列，左边为gi 号，右边为Taxid。由于这些文件非常大，因此用浏览器来打开这些文件几乎是不可能的。随着时间的推移，这两个文件会越来越大，不过速度不会是指数增长的，并且在美国东部时间的每个星期一2：00 am NCBI 会对其进行更新。
对于Windows 用户还有一个文件称为taxmp.zip 文件。文件解压缩后包括1 个*.prt 文件和6 个*.dmp 文件。Gencode.dmp 文件保存有不同的密码子表，与同目录的gc.prt 联合使用；merged.dmp 是保存有合并的taxid 号的对应表；nodes.dmp 是结点信息；division.dmp 是较大的几个分类；names.dmp 结点名称信息，每个id 对应多行。这些数据被Phylogenie 软件包中的blammer 程序用于构建进化树。
利用ftp 地址的连接利用Http 或ftp 方式将文件下载到本地，通过本地程序或脚本搜索文本，来建立gi 号与Taxid 之间的联系（图）。这种方法比较适合于在线服务的Web 形式的程序，通过在本地不断地及时更新程序就可以完成这项工作。
第二种方法是对Taxonomy 数据库进行API 分析。
② 如何使用NCBI查找基因
1 打开NCBI主页
2 左边search里面选择GENE 右边的对话框里输入你想要的基因名称
3 在出来的所有条目第一行后面都有种属表明，比如Homo sapiens是人Felis catus是猫。选择你想要的种属。
4 再出现的页面中找到那个像数轴的图，在左侧有可以点击的蓝色数字，往往开头有AK、NM的开头，点击它，再出现的下拉框里选择GENEBANK。
5 最下面就是他的基因序列 当然也可以参考页面上提供的CDS区域范围来看。
③ NCBI的使用方法
制定条件查找：
1。search中选择GENE，在for后填写唐朝
2.在for后填写武汉人
3.在for后填写mtDNA
最后 在for 后填写 #1 AND #2 AND #3（必须大写 中间有空格）就这样交叉查询
④ 如何使用NCBI工具
CDS(coding sequence)序列是编码序列，是用来编码蛋白质的那段序列。 在NCBI Nucleotide中输入你要查询的基因，点击查询的序列 在出现的结果中，有CDS 这一项，底下的核酸序列就是该基因的蛋白编码区。 Enjoy it!
⑤ 生物信息学 NCBI的使用
在生物医学信息学领域，数据库和服务的定义与计算机领域有很大的不同，如果要问NCBI过去，现在或将来会有多少数据库，恐怕连NCBI自己都说不清楚。要是一个一个数据库讲下来，9999个字肯定不够用。这里有一个列表供您参考http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/all/。
NCBI的产生和发展是在美国和全球生物学高速发展，高通量数据急速产生，而缺乏有效的数据分析方法的背景下产生，起初它主要任务是数据的存储和查询。只不过其存储的数据大多以高通量数据为主，例如基因测序，基因组，SNP, 基因芯片,小分子化合物和GWAS数据等。这些数据的共享，极大地促进了生物信息学发展。
按照数据->样式->知识->智慧的发展模式，NCBI主要起到了一个为生物学家提供数据的角色。不过，NCBI目前也不断地在调整自己的角色。例如，生物医学文献。NCBI在从NLM继承过来的pubmed的基础，提供以PMC数据库为核心的全文文献服务。PubMed数据库应该是全球生物学家使用频率最高的数据库。NCBI最近对pubmed的改版，虽然没有实质性的改变，但其按照用户体验进行的修改，足见其对该数据库的重视。
另外，NCBI目前不断地在引入高学历生物学人才对其数据库的质量进行控制。以dbSNP为例，其正在通过与领域专家的合作将突变数据与人类表型数据进行关联。
总得来讲，NCBI的发展是与生物学高通量数据产生密切相关，它以经不在局限于提供数据存储与查询，其未来的发展必将发展为一个大型的、综合的知识库。到那时NCBI会不会免费，就要另当别论了。很显然没有人会将自己的手稿拱手让人。如果真有那么一天，不知道从中会产生多少专利和知识产权。
⑥ NCBI怎样使用
首先打开ncbi主页
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
在搜索框左边的下拉菜单选择"Gene"，并输入要找的基因名称（最好是正式名称/缩写或者常用名称），例如想找人的超氧化物歧化酶1的基因，就输入Superoxide dismutase 1或者sod1，然后点"Search"，在结果页面里选择智人[Homo sapiens]的对应结果即可进入超氧化物歧化酶1的基因报告页面（为了减少多余的结果，也可以把human/mouse/rat之类的物种名加入关键词，用拉丁名homo/mus/rattus也可以）。
在基因报告页面里具体的基因组/mRNA/蛋白的信息可以将鼠标移动到基因图示的基因名上面，显示的下拉菜单里按第三个按钮，向下箭头，显示更多信息里有相关链接；另外也可以通过页面中间部分的"NCBI reference sequences"找到对应的链接。
呃……看不懂英文就没法帮你了，找个词典吧！
⑦ ncbi怎么用
ncbi使用教程
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2016-11-04 19054人看过
NCBI (National Center for Biotechnology Information）是指美国国立生物技术信息中心。理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。通过只有四个字母来代表DNA化学亚基的字母表，出现了生命过程的语法，其最复杂形式就是人类。阐明和使用这些字母来组成新的“单词和短语”是分子生物学领域的中心焦点。数目巨大的分子数据和这些数据的隐秘而精细的模式使得计算机化的数据库和分析方法成为绝对的必须。挑战在于发现新的手段去处理这些数据的容量和复杂性，并且为研究人员提供更好的便利来获得分析和计算的工具，以便推动对我们遗传之物和其在健康和疾病中角色的理解。在生物学研究中，NCBI提供了大量的生物信息分析工具以及文献。所以学号检索方法是进入新生物学领域的必备技能。Blast工具、PubMed文献数据库等。
工具/原料
浏览器 NCBI网址
方法/步骤
1/9 分步阅读
首先进入NCBI主页。
Map view演示，主要是找到相关基因在染色体上的位置，以人类IL-6基因为例。
点击Map View
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2/9
选择物种，点击Go；
设置filter，过滤信息；
点击Genes seq查询序列
查看剩余4张图
3/9
最后进入序列下载页面，可以直接下载。可以选择多种格式，一般选择fasta。
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通过clone查询相关基因的cDNA序列
选择clone数据库，search基因描述。
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对基因的蛋白质序列和mRNA查询。
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也可对序列进行查询。基因组展示。
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也可以查询序列信息。
查看剩余1张图
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查询已知引物，通过probe数据库搜索。
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同源性比对blast。有多种比对方式。DNA,RNA,Protein等比对模式，排列越高表示同源性越强。也可以进行引物比对。
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注意事项
简单演示仍需深入了解
21世纪是生物科学的世纪
软件 NCBI
编辑于2016-11-04，内容仅供参考并受版权保护
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⑧ 如何使用NCBI的Map Viewer
Map viewer是NCBI网站上提供的一个非常有用的寻找基因的工具，通过Map viewer你可以了解你感兴趣基因在基因组中所处的位置、基因序列、内含子及外显子的排列、基因的细胞遗传学图、EST.SNP等等许多有用的信息。进 入Mapviewer的方法如下：点击NCBI首页的Map viewer
进入Map viewer的首页，在Search下拉框内选择你寻找基因的生物种类【eg：Homo sapiens(human)】在后面输入你基因的名称（eg：hcn4）或者是关键词【hypertension】单击go 。如果下图显示不清，可单击图形放大观看。
出现下图，图中用红色断棒给出标记的地方即为hcn4基因所处的位置，在找到hcn4基因的染色体下给出一红色数字1。图形显示不清可单击图形放大。
单击标记染色体下面的蓝色数字出现下图，图中给出hcn4基因及其周边基因的信息，hcn4自动标记。我用棕黄色框标记部分为绿色框中一系列缩写的解释，你可以通过点击缩写(sv、dl等)执行相应的功能。
点击dl出现下图，单击Save to disk可将你要的基因的序列存盘。Map viewer的功能比较强大，看完以上的介绍后如果你觉得对你的工作有帮助的话，可参看Map viewer的帮助文件
⑨ 如何注册ncbi
你先进NCBI主页，之后点一下 MY NCBI ，在 Use name 处填写你自己想取的用户名（相当于网名），在其下方输入密码（自己设定） ， 然后点一下 SIGN IN 即可。
NCBI (National Center for Biotechnology Information )是指美国国立生物技术信息中心。理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。通过只有四个字母来代表DNA化学亚基的字母表，出现了生命过程的语法，其最复杂形式就是人类。阐明和使用这些字母来组成新的"单词和短语"是分子生物学领域的中心焦点。数目巨大的分子数据和这些数据的隐秘而精细的模式使得计算机化的数据库和分析方法成为绝对的必须。挑战在于发现新的手段去处理这些数据的容量和复杂性，并且为研究人员提供更好的便利来获得分析和计算的工具，以便推动对我们遗传之物和其在健康和疾病中角色的理解。
拓展资料：
ncbi的使命包括四项任务:
1.建立关于分子生物学，生物化学，和遗传学知识的存储和分析的自动系统
2.实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的结构和功能的基于计算机的信息处理的，先进方法的研究
3.加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。
4.全世界范围内的生物技术信息收集的合作努力。
NCBI通过下面的计划来实现它的四项目的:
NCBI有一个多学科的研究小组包括计算机科学家，分子生物学家，数学家，生物化学家，实验物理学家，和结构生物学家，集中于计算分子生物学的基本的和应用的研究。这些研究者不仅仅在基础科学上做出重要贡献，而且往往成为应用研究活动产生新方法的源泉。他们一起用数学和计算的方法研究在分子水平上的基本的生物医学问题。这些问题包括基因的组织，序列的分析，和结构的预测。目前研究计划的一些代表是:检测和分析基因组织，重复序列形式，蛋白domain和结构单元，建立人类基因组的基因图谱，HIV感染的动力学数学模型，数据库搜索中的序列错误影响的分析，开发新的数据库搜索和多重序列对齐算法，建立非冗余序列数据库，序列相似性的统计显着性评估的数学模型和文本检索的矢量模型。另外，NCBI研究者还坚持推动与NIH内部其他研究所及许多科学院和政府的研究实验室的合作。