1. miRNA表達譜的生物信息學分析有哪些方面的內容
歸一化
microRNA晶元採用的歸一化的方法為quantile normalization，loess normalization。
差異基因篩選
microRNA的差異篩選，同表達譜的篩選方法是一致的，參見表達譜的差異基因篩選。
miRNA靶基因預測
microRNA結合在靶基因的3』 UTR，下調靶基因．miRNA靶基因預測有多種方法．我們利用TargetScan資料庫關聯microRNA的靶基因。
4. miRNA與靶基因網路圖
將顯著性功能與顯著性Pathway所包含的靶基因取交集後與microRNA構建基因與microRNA調控網路（待確認），可以在全局的水平上直觀的反應基因之間的相互關系，同時反映了基因調控網路的穩定性。根據網路中microRNA的位置函數計算出microRNA在網路中的關系強度，即microRNA的網路特徵值。特徵值最高microRNA處於網路的樞紐性地位，該microRNA調控能力最強，對網路結構和樣本性狀有重要的調控價值，同時從網路中也可以得到被microRNA調控的關鍵靶基因。
5. miRNA－GONetwork
miR-GO Network利用靶基因的功能注釋與microRNA-mRNA靶向調控關系，構建microRNA功能調控的網路圖。網路圖可發現MicroRNA調控的多種基因功能，並通過網路分析，得到核心調控microRNA以及microRNA調控的核心基因功能。
6. miRNA－Pathway Network
miR- Pathway Network與miR-GO Network類似．利用靶基因的Pathway間相互作用關系，與microRNA-mRNA靶向調控關系，構建miR- Pathway調控的網路圖。網路圖可發現MicroRNA調控的多種信號通路，並通過網路分析，得到核心調控microRNA以及microRNA調控的核心信號通路。
7. miRNA的轉錄因子的預測
為了研究miRNA的調控機制，首先預測miRNA的promoter區域，根據miRNA的promoter區域，利用HMM來預測結合的轉錄因子。
8. miRNA與表達譜晶元平台的聯合分析
miRNA與表達譜晶元平台的聯合分析除了和甲基化與表達譜晶元分析類似外，還可以將miRNA預測的靶基因和表達譜晶元的差異基因取交集，進行miRNA-DiffGene-Network。
2. 基因敲降的方法
基因敲除是自80年代末以來發展起來的一種新型分子生物學技術，是通過一定的途徑使機體特定的基因失活或缺失的技術。通常意義上的基因敲除主要是應用DNA 同源重組原理，用設計的同源片段替代靶基因片段，從而達到基因敲除的目的。隨著基因敲除技術的發展，除了同源重組外，新的原理和技術也逐漸被應用，比較成功的有基因的插入突變和iRNA ，它們同樣可以達到基因敲除的目的。
二.實現基因敲除的多種原理和方法：
1.利用基因同源重組進行基因敲除
基因敲除是80年代後半期應用DNA 同源重組原理發展起來的。80年代初，胚胎幹細胞(ES細胞)分離和體外培養的成功奠定了基因敲除的技術基礎。1985年，首次證實的哺乳動物細胞中同源重組的存在奠定了基因敲除的理論基礎。到1987年，Thompsson首次建立了完整的ES細胞基因敲除的小鼠模型。直到現在，運用基因同源重組進行基因敲除依然是構建基因敲除動物模型中最普遍的使用方法。
3. cytoscape怎麼標上調下調
方法：
增加上下調關系，然後選中第一列刪除重復項，將處理完的數據保存為TXT文件作為Table導入到Cytoscape中(這里要注意的是還要添加一-列Nodes2將其注釋進去)先在Pubmed.上找了一個microRNA的數據包GSE72199[2]，GEO2R篩選了差異表達的microRNA:
隨便找了P值zui小的5個，然後去TargetScan(http://www.targetscan.org/)上進行 了靶基因預測。(如果確實需要進行靶基因預測並進行驗證的話，還是需要多個工具一起使用取交集的,常用的有TargetScan、Mirtrail、 Mirdb和MiRbase等)
4. 基因功能驗證有幾種方法
基因上調（基因轉染法）、基因下調（基因干擾法）後看蛋白表達水平、細胞功能改變、在體動物模型中相關功能的變化
5. 基因治療有幾種途徑
基因治療是指將人的正常基因或有治療作用的基因通過一定方式導入人體靶細胞以糾正基因的缺陷或者發揮治療作用，從而達到治療疾病目的的生物醫學新技術。
基因治療有二種形式：一是體細胞基因治療，正在廣泛使用；二是生殖細胞基因治療，因能引起遺傳改變而受到限制。
6. 基因打靶技術的原理、主要策略以及主要流程
原理: 基因打靶是一種改變細胞或者生物個體基因結構的體內誘變方法，是在胚胎幹細胞技術和同源重組技術基礎之上發展起來的。它通過DNA定點同源重組，改變基因組中的某一特定基因，從而在生物活體內研究此基因的功能。首先獲得ES細胞系，利用同源重組技術獲得帶有研究者預先設計突變的中靶ES細胞。通過顯微注射或者胚胎融合的方法將經過遺傳修飾的ES細胞引入受體胚胎內。經過遺傳修飾的ES細胞仍然保持分化的全能性，可以發育為嵌合體動物的生殖細胞，使得經過修飾的遺傳信息經生殖系遺傳。獲得的帶有特定修飾的突變動物提供研究者一個特殊的研究體系，使他們可以在生物活體中研究特定基因的功能。
策略:
①基因敲除（ES細胞，體細胞）；
②精細突變的引入；
③染色體組大片段的刪除；
④基因敲除的時空調控；
⑤大規模隨機基因敲除-基因誘捕；
⑥大規模隨機誘變研究-ENU誘導的點突變；
⑦利用TALEN、CRISPR/cas9技術在小鼠以外的模式生物中進行基因打靶。
流程：
1. ES 細胞的培養；
2. 2特異性載體的構建，
3. 3ES 細胞的轉染，
4. 中靶ES 細胞的增殖
5. 中靶ES細胞經顯微注射引入受體囊胚；
6. 攜帶中靶ES的囊胚經胚胎移植引入假孕鼠子宮；
7. 種系嵌合體的鑒定以及基因打靶小鼠的表型分析。
7. 抑制基因的方法有哪些20分
VIGS 病毒誘導的基因沉默。
原理都是一樣的，只不過是利用病毒誘導的RNA干擾。病毒做為載體（插入你靶基因的片段）去侵染寄主，引起靶基因沉默。
8. 怎麼抑制基因
你就算跑到美國去，美國人也只能告訴你，no way