柱色譜法，又稱層析法。是一種以分配平衡為機理的分配方法。柱色譜主要分為吸附柱色譜、分配柱色譜兩種。
1. 吸附柱色譜原理
在一定條件下，硅膠與被分離物質之間產生作用，這種作用主要是物理和化學作用兩種.物理作用來自於硅膠表表面與溶質分子之間的范德華力.化學作用主要是硅膠表面的硅羥基與待分離物質之間的氫鍵作用。色譜管為內徑均勻、下端縮口的硬質玻璃管，下端用棉花或玻璃纖維塞住，管內裝入吸附劑。吸附劑的顆粒應盡可能保持大小均勻，以保證良好的分離效果。除另有規定外，通常多採用直徑為0.07～0.15mm的顆粒。色譜柱的大小，吸附劑的品種和用量，以及洗脫時的流速，均按各品種項下的規定。
在吸附柱色譜中，吸附劑是固定相，洗脫劑是流動相，相當於薄層色譜中的展開劑。吸附劑的基本原理與吸附薄層色譜相同，也是基於各組分與吸附劑間存在的吸附強弱差異，通過使之在柱色譜上反復進行吸附、解吸、再吸附、再解吸的過程而完成的。所不同的是，在進行柱色譜的過程中，混合樣品一般是加在色譜柱的頂端，流動相從色譜柱頂端流經色譜柱，並不斷地從柱中流出。由於混合樣中的各組分與吸附劑的吸附作用強弱不同，因此各組分隨流動相在柱中的移動速度也不同，最終導致各組分按順序從色譜柱中流出。如果分步接收流出的洗脫液，便可達到混合物分離的目的。一般與吸附劑作用較弱的成分先流出，與吸附作用較強的成分後流出。
2. 分配柱色譜原理
方法和吸附柱色譜基本一致。裝柱前，先將載體和固定液混合，然後分次移入色譜柱中並用帶有平面的玻棒壓緊；供試品可溶於固定液，混以少量載體，加在預制好的色譜柱上端。洗脫劑需先加固定液混合使之飽和，以避免洗脫過程中兩相分配的改變。