rna分子检测方法

A. 如何检测RNA提取成功或如何检测RNA的完整性

检测RNA的完整性的方法：

1. 完整的总RNA在进行变性凝胶电泳时会产生清晰的28S和18S rRNA条带（真核样品）。28S rRNA条带的强度应当大致为18S rRNA条带的两倍。这种2:1的比率（28S：18S）是判断RNA完整性的一个很好的指标。

2. 使用变性凝胶电泳来评估RNA完整性的一个缺陷是观察所需的RNA样品量。通常情况下，需要在变性凝胶中上样至少200 ng的RNA才能在EtBr染色下进行观察。而在某些RNA制备实验中，如从穿刺活检样品或激光捕获显微切割样品中提取RNA，得率是非常低的。这种情况下，或许就不可能在进行表达谱分析实验前取出200ng的RNA来评估其完整性。其它的核酸染料，比如Moleculor Probes (Eugene, OR) 的SYBR® Gold及SYBR Green II RNA染料，相比传统的琼脂糖凝胶电泳EtBr染色方法可以显着提高灵敏度。通过使用300nm的透射光源（6 x 15瓦的灯泡）及特殊的滤光片，SYBR Gold RNA凝胶染色可以检测到低至1ng的RNA，而SYBR Green II则可以检测到2ng，从而可以使用更少的样品来进行RNA完整性分析。

3. 目前有一种快速简单的方法可以替代传统的凝胶分析方法，这种方法可以同时对RNA样品进行定量及质量评估。Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies)是第一款商业化的提供RNA样品状态细节信息的微流体仪器。当与RNA 6000 LabChip®（Caliper Technologies Corporation所拥有的一个注册商标）结合使用时，每次进行分析最低仅需1µl浓度为10 ng/µl 的样品。除了评估RNA完整性，这台自动化系统同样可以提供样品RNA浓度及纯度（如mRNA制备中的rRNA污染）的评估。在过去，检测浓度及纯度需要使用部分RNA样品（通过A260分光光度法），而评估完整性则需要另外使用部分样品。通过使用LabChip®系统，可以仅使用一份5ng的样品来同时对浓度、完整性及纯度进行分析。分析数据可以显示为类凝胶图像、电泳峰图及表格形式等。
   

B. RNA的测序原理及方法！^~^

细胞中的RNA可以分为信使RNA、转运RNA和核糖体RNA三大类，不同组织总RNA提取的实质就是将细胞裂解，释放出RNA，并通过不同方式去除蛋白，DNA等杂质，最终获得高纯度RNA产物的过程。

RNA 提取流程
1. 样品处理
从各种不同来源样品（如细菌、酵母、血液、动物组织、植物组织和培养细胞）,或同一来源样品的不同组织（如植物幼嫩叶片、成熟根、茎等）中提取高质量的RNA，因细胞结构及所含的成分不同，样品预处理的方式也各有差异。
样品的要求：
最好使用新鲜的样品或取样后立即在低温（-20℃或-70℃）冷冻保存的样品，避免反复冻融，因为这会导致提取的RNA降解和提取量下降。
样品预处理方式：
植物材料-液氮研磨
动物材料-匀浆、液氮研磨
细菌-溶菌酶破壁
酵母-液氮研磨、玻璃珠处理、混合酶破壁
2. 细胞裂解
异硫氰酸胍/苯酚法（TRIZOL）
这是一种传统的RNA提取方法，适用于大部分动植物材料，但对于次生代谢产物较多的植物材料提取RNA效果较差。异硫氰酸胍能使核蛋白复合体解离，并将RNA释放到溶液中，采用酸性酚-氯仿混合液抽提，低PH值的酚将使RNA进入水相，而蛋白质和DNA仍留在有机相，从而可以完成RNA的提取工作。
该法应用非常广泛，适用于包括动物组织、微生物、培养细胞等在内的各类动物性材料，同时还适用于次生代谢物较少的植物性材料，如幼苗、幼叶等。该法主要应用在动物组织和培养细胞的RNA提取中。
胍盐/ β- 巯基乙醇法：
适用于各种不同动物材料和次生代谢物少的植物材料。
在这种方法中，胍盐使细胞充分裂解，β-巯基乙醇作为蛋白的变性剂在实验全程中可以抑制RNaseA的活性，保护RNA不被降解。
我公司的“GREEN ”系列总RNA 提取试剂盒是基于这种方法开发的产品，分别适用于各类不同的材料。此系列产品的具体实验步骤和适用范围在实验技术手册中有详细介绍，实验者可根据自己的需要进行选择。
其它方法：
有些植物材料多糖多酚含量较高，如植物果实，番茄的叶子等，有些植物木质化程度较高，如根茎等组织。针对这类材料本公司推出了一种全新的植物总RNA提取试剂，该试剂特别适合于从富含多糖、多酚、淀粉的材料中提取纯度高、完整性好的总RNA，有关的具体步骤将在分论中详细介绍，实验者可根据自己的需要进行选择。

3. RNA 纯化及获得
纯化要求
RNA样品中不应存在对酶（如逆转录酶）有抑制作用的有机溶剂和过高浓度的金属离子。避免其它生物大分子如蛋白质、多糖和脂类分子的污染。排除DNA分子的污染。
纯化方法及沉淀
方法一：有机溶剂抽提法
氯仿抽提
在使用RNA提取试剂进行RNA提取时，常使用氯仿进行抽提，以去除蔗糖、蛋白等杂质，并促进水相与有机相的分离，从而达到纯化RNA的方法。在本公司的提取RNA的产品中，与TRIzol同型试剂法及其衍生试剂盒。
沉淀
氯仿抽提RNA后，一般采用了异丙醇或乙醇来沉淀水相RNA。加入0.6倍水相体积的异丙醇或与水相等体积的异丙醇，室温沉淀20-30分钟，高速离心，可获得RNA沉淀。
洗涤沉淀
加入无RNase的75%乙醇，将RNA沉淀振荡悬浮，使RNA沉淀中的盐离子被充分溶解。然后再离心10-30分钟。再次沉淀RNA。离心后，小心倒掉上清（注意不要倒出RNA沉淀），随后快速离心1-2秒，将残留在管壁上的乙醇手机到管底后，用小枪头吸净，超静台中风干1-2分钟（注意不要晾得太干，否则RNA沉淀不易溶解）。
溶解沉淀
加入适量RNase-free ddH2O溶解RNA沉淀。
方法二：硅基质吸附法
随着实验方法的改进，现已发展出一种采用吸附材料纯化核酸的方法。目前较常见的有：硅基质吸附材料、阴离子交换树脂和磁珠等。硅基质吸附材料因其具有可特异吸附核酸，使用方便、快捷、不使用有毒溶剂如苯酚、氯仿等优点，成为核酸纯化的首选。
本公司生产的总RNA提取试剂盒（ZP403-ZP407）和GREENspin系列总RNA提取试剂盒即采用硅基质吸附达到RNA分离纯化目的，通过专一结合RNA的离心吸附柱和独特的缓冲液系统，使样品在高盐条件下与硅胶膜特异结合，而蛋白、有机溶剂等杂质不能结合到膜上而被洗脱，盐类则被含有乙醇的漂洗液洗涤，最后用RNase-free ddH2O将RNA从硅胶膜上洗脱下来。

C. 鉴定RNA的品质通常有几种方法,怎样鉴定

电泳检测吧，28S、18S（真核）或者23S、16S（原核）条带清晰，无明显拖尾就表示RNA无明显降解，品质较好，反之则发生降解。有条件可以用2100生物分析仪检测，本质上还是电泳检测，但速度快，一次可以检测12个样品，峰图与胶图结合容易判断，而且可以定量，比Nanodrop定量准确

D. 怎样鉴定RNA

首先RNA是由 戊糖 磷酸基团 碱基 组成的 所以只要鉴别出这三样物质就可以了
制得RNA水解液：在粗制RNA中，加入10%硫酸 ，搅拌均匀，加热，讲RNA水解
鉴定：水解液+苔黑酚—FeCl3试剂 然后加热直到沸腾1分钟，若呈现墨绿色 说明 含有 戊糖
水解液+氨水+5%硝酸银溶液，如果出现絮状嘌呤银化合物，说明有碱基存在
水解液+少量浓硝酸+少量钼酸铵溶液 若呈现淡黄色 说明有磷酸基团存在

E. 细胞内DNA、RNA、蛋白质常用的分子生物学检测方法shi

细胞内DNA用甲基绿检测，而rna用吡罗红检测，蛋白质则用双缩脲试剂检测。

F. 如何测量RNA的纯度和含量

RNA胶（凝胶成像）检测。例如：原核生物的核糖体所含的rRNA有5S、16S及23S三种。在胶上就有三条明显大小不一的条带。

凝胶迁移分析。可以用来研究RNA-蛋白相互作用。基本原理是：结合了蛋白的RNA在凝胶中的迁移速率更慢，因而可以区分出结合蛋白与未结合蛋白的RNA条带。RNA-seq即转录组测序技术，把mRNA，smallRNA等用高通量测序技术把RNA的序列测出来。反映出RNA的表达水平。

RNA纯度：RNA在纯化过程中容易受到DNA、蛋白质及有机溶剂的影响，这些残存物将会影响以后的操作。光谱分析(NANODROP)利用物质对不同波长光的吸收度的不同，可以鉴别出溶液纯度及浓度。

组成结构

RNA和DNA一样，也是由各种核苷酸通过3′，5′-磷酸二酯键连接构成的多核苷酸链，但与DNA有一系列差异。

在化学组成方面，RNA含核糖而不含脱氧核糖。含尿嘧啶而不含胸腺密啶。例外的是，每个tNA分子含有一个胸腺嘧啶，这是在RNA链合成后由尿嘧啶甲基化生的，此外，前面已提到，少数DNA含有少量核糖，但这些个别的例外并不能以此否定两类核酸组成上的差异。

以上内容参考：网络-核糖核酸

G. 如何检测RNA的稳定性

检测RNA的稳定性的方法是：放线菌素D可在数分钟内被细胞吸收，并优先嵌入到富含GC的DNA序列中，形成稳定的复合物，抑制所有真核RNA聚合酶的转录进程。

利用放线菌素D处理不同时间长度后，检测目标RNA的分子水平，推算目标RNA的半衰期，评估其稳定性。此实验是研究RNA分子转录后调控的常用方法之一。

主要信息：

RNA分子结构之所以能够稳定，其原因就是碱基配对造成了能量的降低。 因此，最小自由能算法认为，自由能趋向最小 的时候为RNA真实的二级结构。

绝大多数RNA为单链分子，单链可自身折迭形成发夹样结构而有局部双螺旋结构的特征，这是各种RAN空间结构的共同特征。

RNA局部双螺旋结构中碱基互补配对规律是A对U和G对C。由于RNA分子内部不能全面形成碱基配对，故其碱基克分子比A不等于U，G不等于C，不存在DNA碱基比例的Chargaff规律。

H. RNA提取和定量测定的原理和方法

动物细胞的RNA提取一般使用Trizol，你可以到网上找它的使用说明

测定的方法的话可以有：
紫外分光光度计：通过测定OD260、280和230来检测RNA是否被杂质污染
琼脂糖凝胶电泳：检测RNA是否发生降解
RT-PCR：将其反转录成cDNA，通过荧光定量PCR检测各mRNA的表达量

I. 快速鉴别DNA和RNA的方法

简单的应该是用甲基绿和吡罗红两种染色剂对DNA和RNA的亲和力不同，甲基绿对DNA亲和力强，使DNA显现出绿色，而吡罗红对RNA的亲和力强，使RNA呈现出红色。用甲基绿、吡罗红的混合染色剂染色，可同时显示DNA和RNA的颜色