转录组研究内容和方法

① 转录组学名词解释

转录组学是指一门在整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律的学科。转录组学是从RNA水平研究基因表达的情况。转录组即一个活细胞所能转录出来的所有RNA的总和，是研究细胞表型和功能的一个重要手段。

② 什么是转录组分析

转录组分析指对细胞内所有转录产物的集合的分析。

转录组（transcriptome）广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA；狭义上指所有mRNA的集合。

转录组测序一般是对用多聚胸腺嘧啶（oligo-dT）进行亲和纯化的RNA聚合酶II转录生成的成熟mRNA和ncRNA进行高通量测序。

相对于传统的芯片杂交平台，转录组测序无需预先针对已知序列设计探针，即可对任意物种的整体转录活动进行检测，提供更精确的数字化信号，更高的检测通量以及更广泛的检测范围，是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。

(2)转录组研究内容和方法扩展阅读：

转录组测序的技术路线：

样品要求：

1、样品纯度要求： total RNAOD值应在1.8至2.2之间；电泳检测28S:18S至少大于1.5。

2、样品浓度： total RNA浓度不低于400ng/ul；样品总量不低于15ug;目前最新的样品建库要求降低到1ug,浓度大于50ng/ul即可。

3、提供total RNA样品具体浓度、体积、制备时间、溶剂名称及物种来源。请同时附上QC数据，包括电泳胶图、分光光度或Nanodrop仪器检测数据。如需进行多次样品制备，需要提供多次样品制备所需样品。

③ “基因组”“蛋白组”“转录组”“代谢组”的异同

基因组：以生物体所有的核酸为研究对象，狭义的基因组定义为生命体的全套DNA，广义的基因组则包含DNA、mRNA、lncRNA等参与到基因表达调控的所有核酸序列。其主要研究手段为基因测序，以华大基因为代表。转录组通常可认为是基因组的简化研究手段，即所有转录本的集合。

蛋白组：生物体基因组所编码的全套蛋白质。鉴于蛋白质表达的时空特异性，各组织器官或者特定亚细胞结构器（如线粒体、叶绿体），甚至是外泌蛋白，也可以成为一个蛋白组。所以蛋白质组是信号转导、分子发育最为直接的手段。其主要研究手段为生物质谱，在国内以牟合蛋白为典型。

代谢组：生物体内源性代谢物质的动态整体，通常只涉及相对分子质量约小于1000的小分子代谢物质。因其与蛋白质组一样可以很好的指针细胞、机体的生命活动状态，所以常常被用作临床生物标志物的筛选。目前，代谢组的研究也只能借助生物质谱完成。

下面这幅图能够很好的呈现基因、代谢、生命活动间的关系:

Figure. Genomic-Proteomic-Phenotype

④ 什么叫转录组、转录组学研究转录组学有何意义

广义转录组是指生命单元(通常是一种细胞)中所有按基因信息单元转录和加工的RNA分子(包括编码和非编码RNA功能单元)，或者是一个特定细胞所有转录本的总和。它的研究对象就是这些RNA与蛋白质分子和它们所组成的基因功能网络以及它们与细胞功能的关系。而狭义转录组是指可直接参与翻译蛋白质的mRNA总和。研究生物细胞中转录组的发生和变化规律的科学就称为转录组学(tran—scriptomics)。
(二)转录组学的意义1．转录组谱可以提供特定条件下某些基因表达的信息，并据此推断相应未知基因的功能，揭示特定调节基因的作用机制。2．通过基于基因表达谱的分子标签，不仅可以辨别细胞的表型归属，还可以用于疾病的诊断。3．转录组的研究应用于临床的另一个例子是可以将表面上看似相同的病症分为多个亚型，尤其是对原发性恶性肿瘤，通过转录组差异表达谱的建立，可以详细描绘出患者的生存期以及对药物的反应等。

⑤ 转录组转录组研究方法有哪些

研究主要指具体的研究方法、手段和工具。每一课题都要有相应的研究方法，一般可以采取综合的方法，或者以一种方法为主，其它方法为辅。这样有利于收集多方面的信息，可以得到可靠的结论。下面介绍课题中常用的几种研究方法。 一、行动研究法 1、行动研究是由社会情境（包括教育情境）的参与者为提高对所从事的社会的或教育实践的理性认识，为加深对实践活动及其背景的理解所进行的反思研究。行动研究的核心是自我反思的螺旋式行进过程，包括计划行动观察反思几个步骤 。 2、行动研究有这样两个鲜明的特点： （1）以提高行动质量、改进实际工作、解决现实问题为首要目标 。 （2）主要研究人员就是实践者，强调研究过程与行动相结合， 行动研究法可采 取这些步骤： a.选择问题 即对学校在教育、教学上存在的问题进行调查分析，对问题作出归纳、分类，形成一定时期内要通过研究解决的问题。教师从众多的问题中概括出具有普遍性和研究价值的问题，通过讨论和交流，初步形成各年级或各门学科以及各人的主要问题，形成一个时期学校需要重点解决的问题群。 b.理论探讨即从教育理论中有针对性地选取最合适的内容，为解决筛选出的问题提供理论指导和操作规范，从而保证行动研究的正确性。如有专业人员参与，则专家要根据教师选出的问题，寻找与问题相关的理论，有针对性地向教师介绍，让教师了解与问题相关的教育理论，通过组织教师学习、讨论，教师结合自己的教育教学实践进一步从中选出适合自己需要的教育理论。 c.实施和反思 即教师按照计划、行动、观察和反思的顺序，创造性地运用自己已经选择的、有针对性的教育理论，解决具体教育教学问题，改善教育教学工作，并对实践的结果作出总结和反思。行动研究的目标是在实施和反思这一阶段实现的，它是行动研究的关键阶段。这一环节需要教师撰写开展行动研究、总结实践经验的论文，为继续开展行动研究提供参考。 二、观察法 是指研究者通过感官和辅助仪器，有目的、有计划地对处于自然情境下的客观事物进行系统感知观察的一种科学研究方法。 1、观察法的分类 ： （1）按照观察的情境条件来分，可以分为自然情境中的观察与实验室观察 ； （2）按观察者是否直接参与被观察者所从事的活动，可分为参与式观察与非参与式观察 。 （3）按观察实施的方法，可分为结构式观察与非结构式观察。 结构式观察预设有明确的目标、所要观察的问题以及大致范围，有较详细的观察计划、步骤以及合理设计的可控性观察，能获得翔实的材料，并能对观察资料进行定量分析和对比研究。 2、观察法的步骤： （1）明确观察的目的和意义（在观察中要了解什么，情况，搜集哪些方面的事实材料），确定观察对象、时间、地点、内容和方法。 （2）搜集有关观察对象的文献资料，对所要观察的条件有一个一般的认识。 （3）编制观察提纲。对观察内容进行明确分类，并确定观察的重点。 （4）实施观察。该步要做到有计划、有步骤、全面而系统地观察。 （5）记录并收集资料。 （6）分析资料，得出结论。 3、观察法的记录 （1）实地笔记，专门记录观察者看到和听到的事实性内容； （2）个人笔记，用来记录观察者个人在实地观察时的感受和想法； （3）方法笔记，记录观察者所使用的具体方法及其作用； （4）理论笔记，用于记录观察者对观察资料进行的初步理论分析。 三、调查法 调查法是指在教育过程中研究者凭借一定的手段或方法对一些教育现象或事实进行考察，通过对收集到的各种事实资料的分析处理，进而得出结论的一种研究方法。 四、文献法 通过查阅文献资料了解、证明所要研究对象的方法。

⑥ 转录组学的简介

以DNA为模板合成RNA的转录过程是基因表达的第一步，也是基因表达调控的关键环节。所谓基因表达，是指基因携带的遗传信息转变为可辨别的表型的整个过程。与基因组不同的是，转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。通过测序技术揭示造成差异的情况，已是目前最常用的手段。人类基因组包含有30亿个碱基对，其中大约只有5万个基因转录成mRNA分子，转录后的mRNA能被翻译生成蛋白质的也只占整个转录组的40%左右。通常，同一种组织表达几乎相同的一套基因以区别于其他组织，如：脑组织或心肌组织等分别只表达全部基因中不同的30%而显示出组织的特异性。
转录组谱可以提供什么条件下什么基因表达的信息，并据此推断相应未知基因的功能，揭示特定调节基因的作用机制。通过这种基于基因表达谱的分子标签，不仅可以辨别细胞的表型归属，还可以用于疾病的诊断。例如：阿尔茨海默病(Alzheimer′s diseases, AD)中，出现神经原纤维缠结的大脑神经细胞基因表达谱就有别于正常神经元，当病理形态学尚未出现纤维缠结时，这种表达谱的差异即可以作为分子标志直接对该病进行诊断。同样对那些临床表现不明显或者缺乏诊断金标准的疾病也具有诊断意义，如自闭症。对自闭症的诊断要靠长达十多个小时的临床评估才能做出判断。基础研究证实自闭症不是由单一基因引起，而很可能是由一组不稳定的基因造成的一种多基因病变，通过比对正常人群和患者的转录组差异，筛选出与疾病相关的具有诊断意义的特异性表达差异，一旦这种特异的差异表达谱被建立，就可以用于自闭症的诊断，以便能更早地，甚至可以在出现自闭症临床表现之前就对疾病进行诊断，并及早开始干预治疗。转录组的研究应用于临床的的另一个例子是可以将表面上看似相同的病症分为多个亚型，尤其是对原发性恶性肿瘤，通过转录组差异表达谱的建立，可以详细描绘出患者的生存期以及对药物的反应等等。
用于转录组数据获得和分析的方法主要有基于杂交技术的芯片技术包括cDNA芯片和寡聚核苷酸芯片，基于序列分析的基因表达系列分析SAGE （serial analysis of gene expression，SAGE）和大规模平行信号测序系统MPSS(massively parallel signature sequencing,MPSS)。

⑦ 怎样在转录组基础上研究一个基因的功能和进化

转录组学（transcriptomics），是一门在整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律的学科。简而言之，转录组学是从RNA水平研究基因表达的情况。转录组即一个活细胞所能转录出来的所有RNA的总和，是研究细胞表型和功能的一个重要手段。转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，主要包括
mRNA和非编码RNA
。转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点，通过新一代高通量测序，能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的

⑧ 转录组测序研究怎么做

首先需要做的是将测出来的readsmapping到基因组上，与此同时可以得到数据mapping比例等信息，依靠这些信息可以进行数据质量的分析，然后还可以统计每个基因的表达情况，如果是比较不同样本之间的转录组，则可以进行差异表达基因的分析

⑨ 转录组测序流程步骤是哪些

以真核转录组测序为例，实验流程为总RNA提取-mRNA分离-建库试剂-定量-文库回收-桥式扩增-上机测序；项目分析流程为数据产出数据=数据去杂-转录组拼接-SSR分析及SNP分析-基因功能注释-基因表达差异分析-差异基因表达模式聚类-差异基因富集分析。

⑩ 比较概述基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学的概念、研究方法、优缺点及应用设想

组学omics，研究的是整体. 按照分析目标不同主要分为基因组学，转录组学，蛋白质组学，代谢组学。
基因组学研究的主要是基因组DNA，使用方法目前以二代测序为主，将基因组拆成小片段后再用生物信息学算法进行迭代组装。当然这仅仅是第一步，随后还有繁琐的基因注释等数据分析工作。
转录组学研究的是某个时间点的mRNA总和，可以用芯片，也可以用测序。芯片是用已知的基因探针，测序则有可能发现新的mRNA,
蛋白组学针对的是全体蛋白，组要以2D-Gel和质谱为主，分为top-down和bottom-up分析方法。理念和基因组类似，将蛋白用特定的物料化学手段分解成小肽段，在通过质量反推蛋白序列，最后进行搜索，标识已知未知的蛋白序列。
代谢组分析的代谢产物，是大分子和小分子的混合物，主要也是用液相和质谱。
总而言之，这些技术都想从全局找变量，都是一种top-down的研究方法，原因很简单：避免‘只缘身在此山中’的尴尬。
但因为技术局限，都各有缺点，尤其是转录组和蛋白组数据，基本上颠覆了以前一直认为的mRNA水平能代表蛋白水平的观念，因为这两组数据的重合度太低。
所以目前很多研究都开始使用交叉验证方法。
无论如何，都需要对数据进行分析，有经验的分析往往能化腐朽为神奇。