① 如何用NCBI查询一种蛋白质的分子量
1、电脑浏览器网络搜索NCBI，直接点击图示链接进入。
② NCBI的使用方法
制定条件查找：
1。search中选择GENE，在for后填写唐朝
2.在for后填写武汉人
3.在for后填写mtDNA
最后 在for 后填写 #1 AND #2 AND #3（必须大写 中间有空格）就这样交叉查询
③ NCBI的使用和进化树构建求助
因此NCBI 的分类学数据库不是一个系统发育或分类学的“专家数据库”（Wheeler et al., 2000）。
获取序列所对应的分类学信息有两种方法。
一种方法，从NCBI 网站下载gi与taxid 对应表，在Taxonomy 数据库的FTP 地址下载。这个目录下有多个压缩文件，其中针对Windows 操作系统的两个针对蛋白质序列和核苷酸序列的压缩文件分别是gi_taxid_prot.dmp.gz 和gi_taxid_nucl.dmp.gz 文件。这两个文件都只有两列，左边为gi 号，右边为Taxid。由于这些文件非常大，因此用浏览器来打开这些文件几乎是不可能的。随着时间的推移，这两个文件会越来越大，不过速度不会是指数增长的，并且在美国东部时间的每个星期一2：00 am NCBI 会对其进行更新。
对于Windows 用户还有一个文件称为taxmp.zip 文件。文件解压缩后包括1 个*.prt 文件和6 个*.dmp 文件。Gencode.dmp 文件保存有不同的密码子表，与同目录的gc.prt 联合使用；merged.dmp 是保存有合并的taxid 号的对应表；nodes.dmp 是结点信息；division.dmp 是较大的几个分类；names.dmp 结点名称信息，每个id 对应多行。这些数据被Phylogenie 软件包中的blammer 程序用于构建进化树。
利用ftp 地址的连接利用Http 或ftp 方式将文件下载到本地，通过本地程序或脚本搜索文本，来建立gi 号与Taxid 之间的联系（图）。这种方法比较适合于在线服务的Web 形式的程序，通过在本地不断地及时更新程序就可以完成这项工作。
第二种方法是对Taxonomy 数据库进行API 分析。
④ ncbi的graphics怎么看
粗的部分是代表外显子的，细的部分是代表内含子的。
登录ncbi首先点击登录NCBI的主页，一般网络搜索即可获网址点击下拉菜单，登录者就可以选择不同的选项进行选择来检索，一般选择GENE的话，你就可以在后面的空白处输入基金名称，点击search即可。或者你要了解蛋白的话，就可以输入蛋白质名字，同样点击search。
基因图谱指综合各种方法绘制成的基因在染色体上的线性排列图。生物的性状千差万别，决定这些性状的基因成千上万。这些基因成群地存在于遗传物质的载体染色体上。基因定位就是要确定基因所在的染色体，并测定基因在特定染色体上线性排列的顺序和相对距离。通过测定重组率得到的基因线性排列图称为遗传图谱，将遗传重组值作为基因间距离，所得到的线性排列图称为连锁图谱，用其他一些方法确定基因在染色体上的实际位置制成的图谱称为物理图谱。
⑤ 怎么使用ncbi的entrez检索工具
集成信息检索：ENTREZ系统编辑本段回目录检索服务器可以对有目标的检索记录，但它主要的缺陷在于一次只能从一个数据库中检索到记录；想对一批数据库进行检索的用户必须为每一个目标数据库分别发出一次申请。很明显，这些大量的公用数据库之间存在着逻辑联系。例如，MEDLINE中的一篇论文可能描述一个基因的序列，该基因又在GenBank中出现。其核苷酸序列所编码的蛋白质的序列又存放在蛋白质数据库中。这种蛋白质的三维结构可能又是已知的，结构的数据可能出现在结构数据库中。最后，基因可能定位在某条染色体的某个区域，这类信息存放在图谱数据库中。
在这些生物学上的联系的基础上开发了一种方法；可以通过它查询所有与某一特殊的生物学实体有关的所有信息，而不必按次序查询分立的数据库。这就是一个名为Entrez的分子检索系统。它由NCBI开发和维护，Entrez在所有的主要的数据库计算机平台上均可使用，允许对PubMed（MEDINE）的记录，核苷酸和蛋白质的序列数据，三维结构信息，图谱信息进行集成的访问。全部信息只需经过一次查询。Entrez能够通过数据库之间的两种类型联系：相近性和硬连接来提供集成的信息检索。
相近性
相近性联系着一个给定的数据库之内的记录。使用者在查看MEDLINE中某条记录时可以要求Entrez"找出所有类似的论文"，类似的，使用者在查看一个序列的同时可以要求Entrez"找出所有与这个序列类似的序列"。一个数据库之内的相近性关系是建立在对相似性的统计计算上的：
BLAST 序列数据可以用基本局部对比搜索工具（Basic Local Alignment Search Tool,即BLAST）相互比较。这个算法试图找到"高度匹配的片段对"（high-scoring segment pairs,简记为HSPs），即能够无缺口的对齐且达到一定的分数的成对的序列。
VAST 几套坐标数据之间的比较采用一种名为VAST的基于向量的算法。VAST即Vector Alignment Search Tool（Madej等，1995；Gibrat等，1996）。VAST的比较有三个步骤：
1.第一，在坐标数据的基础上，标出所有的构成蛋白质的核心部分的α螺旋和β片层。然后根据这些二级结构单位的位置计算向量。以下的步骤使用这些向量来做对比而不是整个一套坐标。
2.然后，算法试图最佳的匹配这些向量，寻找类型和相对方位相同的成对的结构单位，并且在这些单位之间还要有同样的连接方式。其目标在于识别高度相似的"核心结构"，这些成对结构的匹配性要比随机的选择蛋白质相互比较得到的高得多。
3.最后，在每个残基位置上使用蒙特－卡洛方法对结构的排列进行优化。
使用这个方法有可能找到一些序列相似性不明显的蛋白质之间的结构上的关系（可能在功能上也有关系）。最后的对齐结果不一定是全局的，可能在不同的蛋白质的单独的结构域之间配对。
需要重点注意的是VAST不是确定结构相似性的最好办法，因为还可以利用三维坐标文件中的其它信息来做更进一步的修正，如考虑侧链的位置及侧链之间的相互作用的热力学特点。而把结构压缩成一列矢量必然会导致信息的丢失。然而，考虑到这个问题的数量级－即需要做的成对比较的次数－及采用更高级的方法所需要的计算能力和时间，VAST至少为结构相似性问题提供了一个简单和快速的答案。
⑥ 如何利用NCBI数据库进行基因多态性分析
在NCBI 上查找基因，挺多人都在问这个。当然，对于经常泡NCBI 的人来说，查找基因是
入门的、基础的，对高手来讲根本不是个问题。但新手就不同了。
当然了，直到现在，虽说已经会了一些，但在NCBI 查找基因，虽说是基础但也是挺复杂的
今天要讲的。
今天用“苯丙氨酸解氨酶(Phenylalanine ammonia-lyase，PAL)”来作为例子，物种是豆科的。
1，打开NCBI，选择核苷酸（Nucleotide）数据库，填上Phenylalanine ammonia-lyase，
点击GO，搜索
2，我们来看结果，总共有1022 个，结果太多了，有时候刚好你要的结果在第一页的话，
那就好办。不是的话，你慢慢的找，实在不是办法。特别是网络不好时，上NCBI 又很慢，
的确是一种折磨。
3，这个时候我们可以再想办法缩少范围，比方你要找的是豆科的，我们来大豆（soybean）
来作例子。在搜索时加上soybean，结果将会大大减少。
4，这时候结果已经一目了然，这里需要再介绍另外一种搜索的方法。这种方法是比较精确
的。首先在taxonomy 数据库查到soybean 的 taxonomy ID，再回到Nucleotide 数据库，
搜索” Phenylalanine ammonia-lyase txid3847 “，txid 是taxonomy ID 是缩写，3847 是大豆
soybean 的taxonomy ID。这样子，将搜索范围锁定在大豆。
5，看下图，出来的结果都是大豆的，这时基本上就大功告成了。找到了大豆苯丙氨酸解氨酶的序列
6，进入序列页面，默认是GenBank 格式，你也可以选择Fasta 格式，一般都是保存为Fasta格式。
⑦ ncbi怎么用
ncbi使用教程
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2016-11-04 19054人看过
NCBI (National Center for Biotechnology Information）是指美国国立生物技术信息中心。理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。通过只有四个字母来代表DNA化学亚基的字母表，出现了生命过程的语法，其最复杂形式就是人类。阐明和使用这些字母来组成新的“单词和短语”是分子生物学领域的中心焦点。数目巨大的分子数据和这些数据的隐秘而精细的模式使得计算机化的数据库和分析方法成为绝对的必须。挑战在于发现新的手段去处理这些数据的容量和复杂性，并且为研究人员提供更好的便利来获得分析和计算的工具，以便推动对我们遗传之物和其在健康和疾病中角色的理解。在生物学研究中，NCBI提供了大量的生物信息分析工具以及文献。所以学号检索方法是进入新生物学领域的必备技能。Blast工具、PubMed文献数据库等。
工具/原料
浏览器 NCBI网址
方法/步骤
1/9 分步阅读
首先进入NCBI主页。
Map view演示，主要是找到相关基因在染色体上的位置，以人类IL-6基因为例。
点击Map View
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选择物种，点击Go；
设置filter，过滤信息；
点击Genes seq查询序列
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最后进入序列下载页面，可以直接下载。可以选择多种格式，一般选择fasta。
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通过clone查询相关基因的cDNA序列
选择clone数据库，search基因描述。
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对基因的蛋白质序列和mRNA查询。
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也可对序列进行查询。基因组展示。
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也可以查询序列信息。
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查询已知引物，通过probe数据库搜索。
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同源性比对blast。有多种比对方式。DNA,RNA,Protein等比对模式，排列越高表示同源性越强。也可以进行引物比对。
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注意事项
简单演示仍需深入了解
21世纪是生物科学的世纪
软件 NCBI
编辑于2016-11-04，内容仅供参考并受版权保护
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bsci认证机构哪家好?
⑧ 如何注册ncbi
你先进NCBI主页，之后点一下 MY NCBI ，在 Use name 处填写你自己想取的用户名（相当于网名），在其下方输入密码（自己设定） ， 然后点一下 SIGN IN 即可。
NCBI (National Center for Biotechnology Information )是指美国国立生物技术信息中心。理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。通过只有四个字母来代表DNA化学亚基的字母表，出现了生命过程的语法，其最复杂形式就是人类。阐明和使用这些字母来组成新的"单词和短语"是分子生物学领域的中心焦点。数目巨大的分子数据和这些数据的隐秘而精细的模式使得计算机化的数据库和分析方法成为绝对的必须。挑战在于发现新的手段去处理这些数据的容量和复杂性，并且为研究人员提供更好的便利来获得分析和计算的工具，以便推动对我们遗传之物和其在健康和疾病中角色的理解。
拓展资料：
ncbi的使命包括四项任务:
1.建立关于分子生物学，生物化学，和遗传学知识的存储和分析的自动系统
2.实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的结构和功能的基于计算机的信息处理的，先进方法的研究
3.加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。
4.全世界范围内的生物技术信息收集的合作努力。
NCBI通过下面的计划来实现它的四项目的:
NCBI有一个多学科的研究小组包括计算机科学家，分子生物学家，数学家，生物化学家，实验物理学家，和结构生物学家，集中于计算分子生物学的基本的和应用的研究。这些研究者不仅仅在基础科学上做出重要贡献，而且往往成为应用研究活动产生新方法的源泉。他们一起用数学和计算的方法研究在分子水平上的基本的生物医学问题。这些问题包括基因的组织，序列的分析，和结构的预测。目前研究计划的一些代表是:检测和分析基因组织，重复序列形式，蛋白domain和结构单元，建立人类基因组的基因图谱，HIV感染的动力学数学模型，数据库搜索中的序列错误影响的分析，开发新的数据库搜索和多重序列对齐算法，建立非冗余序列数据库，序列相似性的统计显着性评估的数学模型和文本检索的矢量模型。另外，NCBI研究者还坚持推动与NIH内部其他研究所及许多科学院和政府的研究实验室的合作。
