1. miRNA表达谱的生物信息学分析有哪些方面的内容
归一化
microRNA芯片采用的归一化的方法为quantile normalization，loess normalization。
差异基因筛选
microRNA的差异筛选，同表达谱的筛选方法是一致的，参见表达谱的差异基因筛选。
miRNA靶基因预测
microRNA结合在靶基因的3’ UTR，下调靶基因．miRNA靶基因预测有多种方法．我们利用TargetScan数据库关联microRNA的靶基因。
4. miRNA与靶基因网络图
将显着性功能与显着性Pathway所包含的靶基因取交集后与microRNA构建基因与microRNA调控网络（待确认），可以在全局的水平上直观的反应基因之间的相互关系，同时反映了基因调控网络的稳定性。根据网络中microRNA的位置函数计算出microRNA在网络中的关系强度，即microRNA的网络特征值。特征值最高microRNA处于网络的枢纽性地位，该microRNA调控能力最强，对网络结构和样本性状有重要的调控价值，同时从网络中也可以得到被microRNA调控的关键靶基因。
5. miRNA－GONetwork
miR-GO Network利用靶基因的功能注释与microRNA-mRNA靶向调控关系，构建microRNA功能调控的网络图。网络图可发现MicroRNA调控的多种基因功能，并通过网络分析，得到核心调控microRNA以及microRNA调控的核心基因功能。
6. miRNA－Pathway Network
miR- Pathway Network与miR-GO Network类似．利用靶基因的Pathway间相互作用关系，与microRNA-mRNA靶向调控关系，构建miR- Pathway调控的网络图。网络图可发现MicroRNA调控的多种信号通路，并通过网络分析，得到核心调控microRNA以及microRNA调控的核心信号通路。
7. miRNA的转录因子的预测
为了研究miRNA的调控机制，首先预测miRNA的promoter区域，根据miRNA的promoter区域，利用HMM来预测结合的转录因子。
8. miRNA与表达谱芯片平台的联合分析
miRNA与表达谱芯片平台的联合分析除了和甲基化与表达谱芯片分析类似外，还可以将miRNA预测的靶基因和表达谱芯片的差异基因取交集，进行miRNA-DiffGene-Network。
2. 基因敲降的方法
基因敲除是自80年代末以来发展起来的一种新型分子生物学技术，是通过一定的途径使机体特定的基因失活或缺失的技术。通常意义上的基因敲除主要是应用DNA 同源重组原理，用设计的同源片段替代靶基因片段，从而达到基因敲除的目的。随着基因敲除技术的发展，除了同源重组外，新的原理和技术也逐渐被应用，比较成功的有基因的插入突变和iRNA ，它们同样可以达到基因敲除的目的。
二.实现基因敲除的多种原理和方法：
1.利用基因同源重组进行基因敲除
基因敲除是80年代后半期应用DNA 同源重组原理发展起来的。80年代初，胚胎干细胞(ES细胞)分离和体外培养的成功奠定了基因敲除的技术基础。1985年，首次证实的哺乳动物细胞中同源重组的存在奠定了基因敲除的理论基础。到1987年，Thompsson首次建立了完整的ES细胞基因敲除的小鼠模型。直到现在，运用基因同源重组进行基因敲除依然是构建基因敲除动物模型中最普遍的使用方法。
3. cytoscape怎么标上调下调
方法：
增加上下调关系，然后选中第一列删除重复项，将处理完的数据保存为TXT文件作为Table导入到Cytoscape中(这里要注意的是还要添加一-列Nodes2将其注释进去)先在Pubmed.上找了一个microRNA的数据包GSE72199[2]，GEO2R筛选了差异表达的microRNA:
随便找了P值zui小的5个，然后去TargetScan(http://www.targetscan.org/)上进行 了靶基因预测。(如果确实需要进行靶基因预测并进行验证的话，还是需要多个工具一起使用取交集的,常用的有TargetScan、Mirtrail、 Mirdb和MiRbase等)
4. 基因功能验证有几种方法
基因上调（基因转染法）、基因下调（基因干扰法）后看蛋白表达水平、细胞功能改变、在体动物模型中相关功能的变化
5. 基因治疗有几种途径
基因治疗是指将人的正常基因或有治疗作用的基因通过一定方式导入人体靶细胞以纠正基因的缺陷或者发挥治疗作用，从而达到治疗疾病目的的生物医学新技术。
基因治疗有二种形式：一是体细胞基因治疗，正在广泛使用；二是生殖细胞基因治疗，因能引起遗传改变而受到限制。
6. 基因打靶技术的原理、主要策略以及主要流程
原理: 基因打靶是一种改变细胞或者生物个体基因结构的体内诱变方法，是在胚胎干细胞技术和同源重组技术基础之上发展起来的。它通过DNA定点同源重组，改变基因组中的某一特定基因，从而在生物活体内研究此基因的功能。首先获得ES细胞系，利用同源重组技术获得带有研究者预先设计突变的中靶ES细胞。通过显微注射或者胚胎融合的方法将经过遗传修饰的ES细胞引入受体胚胎内。经过遗传修饰的ES细胞仍然保持分化的全能性，可以发育为嵌合体动物的生殖细胞，使得经过修饰的遗传信息经生殖系遗传。获得的带有特定修饰的突变动物提供研究者一个特殊的研究体系，使他们可以在生物活体中研究特定基因的功能。
策略:
①基因敲除（ES细胞，体细胞）；
②精细突变的引入；
③染色体组大片段的删除；
④基因敲除的时空调控；
⑤大规模随机基因敲除-基因诱捕；
⑥大规模随机诱变研究-ENU诱导的点突变；
⑦利用TALEN、CRISPR/cas9技术在小鼠以外的模式生物中进行基因打靶。
流程：
1. ES 细胞的培养；
2. 2特异性载体的构建，
3. 3ES 细胞的转染，
4. 中靶ES 细胞的增殖
5. 中靶ES细胞经显微注射引入受体囊胚；
6. 携带中靶ES的囊胚经胚胎移植引入假孕鼠子宫；
7. 种系嵌合体的鉴定以及基因打靶小鼠的表型分析。
7. 抑制基因的方法有哪些20分
VIGS 病毒诱导的基因沉默。
原理都是一样的，只不过是利用病毒诱导的RNA干扰。病毒做为载体（插入你靶基因的片段）去侵染寄主，引起靶基因沉默。
8. 怎么抑制基因
你就算跑到美国去，美国人也只能告诉你，no way