申请认定高新技术企业流程如下：
一、企业进行自我评价
企业在申请高新技术企业认定之前应认真阅读相关文件和认定标准，客观进行自我评价认为符合认定条件的，则可在“高新技术企业认定管理工作网”上进行企业注册登记
二、进行网上注册登记
企业登录“高新技术企业认定管理工作网”，填写注册登记表，将填好的注册登记表发至认定机构认定机构完成企业身份确认，并将用户名和密码通过网络告知企业
三、企业提交高新技术企业认定申请
企业根据自己的用户名和密码进入网上认定管理系统，填写“高新技术企业认定申请书”发至认定机构，并将规定的申请材料提交认定机构
四、高新技术企业认定机构必要组织认定
认定机构收到企业完整的申请材料后，组织专家审查，提出认定意见，确定认定企业名单
五、公示和颁发认定证书
经认定的高新技术企业，在“高新技术企业认定管理工作网”上公示15个工作日公示有异议的，由认定机构对有关问题进行查实处理，属实的应取消高新技术企业资格；公示无异议的，报领导小组办公室备案，在“高新技术企业认定管理工作网”上公告认定结果，并由认定机构颁发“高新技术企业证书”（加盖科技财政税务部门公章）
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