A. 基因的共线性分析怎么做，做进化分析
简单一些的，直接去找MCScanX这个软件，按照软件说明，使用基因组的蛋白序列进行blastp比对，比完之后直接作为这个软件的输入文件运行分析，这个软件也提供了一些后续分析手段。
复杂一些，共线性分析通常分成两大步骤，第一个是寻找同源对应关系，前面说的blastp就是一个方法，还有文献会在blastp的基础上，进一步设定计算公式以获取筛选过的、更可靠的对应关系，找个基因组文章看看，一般都有。第二个步骤是在对应关系基础上搜索共线性，也有两个选择，一个是精确要求基因顺序具有排列上的共线性，另一个是根据基因的顺序，将基因分组（数个基因作为一个单元），允许单元内部基因共线性有差异，但在单元间具有共线性，这种就是所谓的“同线性”关系。
软件很多的，MCScanX及其原型MCScan，还有MCScan的原型，貌似lastz、last等软甲还可以比较DNA水平上的共线性关系，我是觉得MCScanX最简单，所以就给你推荐了。