如何鉴定rna病毒方法

‘壹’ RT-PCR检测方法的具体步骤

RT-PCR检测方法的具体步骤如下：

（一）RNA提取
1、根据标本数量分装RLT液：从Kit中取出RLT液，用1.5mL离心管分装，每管500μL（在体系配制区操作）。
2、在生物安全柜内将采样液（鼻拭子、咽拭子、胸水等）或病毒培养物（鸡胚尿囊液或细胞培养液）取100μL加入RLT液管中，充分混匀。 3、每管分别加入5μL β-巯基乙醇，混匀后依次加入600μL 70%的乙醇，充分混匀。
4、从Kit中取出带滤柱的2mL收集管，打开包装将其做好标记。取步骤（3）中的混合液600μL加入滤柱中，12000rpm，离心15s，弃收集管中的离心液。
5、滤柱仍放回收集管上，将步骤（3）剩余的混合液全部吸入滤柱中，12000rpm，离心15s，弃离心液。
6、于滤柱中加入700μL Wash Buffer RW1液，12000rpm，离心15s。
7、从QIAGEN RNeasy Mini Kit中取一支干净的2mL收集管，将离心后的滤柱移到新的收集管上，于滤柱中加入500μL Wash Buffer RPE液，12000rpm，离心15s。
8、弃收集管中的离心液，再于滤柱中加入500μL Wash Buffer RPE液，13000~14000rpm，离心2min。
9、将滤柱移到一个干净的1.5mL eppendorf管上，向滤柱中加入30~50μL的Rnase-free Water，室温静置1~3min。
10、12000rpm，离心1min，收集离心液即为提取的病毒RNA，立即做实验或-20℃以下保存。
注意：Buffer RPE使用之间加44mL无水乙醇。
（二）反应体系配制
1、实验设计： 检测标本RNA
阴性对照：无菌水（标本RNA提取时，跟标本同时提取无菌水。） 阳性对照：已知病毒RNA

2、PCR反应体系配制（在体系配制区配反应液） 1）按下表加入试剂： PCR反应体系
对每一个建立的反应确定反应数（n=拟进行的PCR管数，包括阴性，阳性对）。考虑到阴性无模板对照，阳性对照，误差，制备过量的反应混合物是必要的。具体如下：
（1）如果包括对照，样品的数量（n）为1到14，那么N=n+1；
（2）如果包括对照，样品的数量（n）大于15，那么N=n+2。
2）将上述反应液混匀，分装到0.2mL PCR小管中，每管20μL，分别做好标记。

3）加RNA模板（在核酸提取区）
将上述分装好的PCR小管分别加入模板。首先加入阴性对照管（5μL无菌水），然后分别加标本RNA（每管5μL），最后加入阳性对照RNA（每管5μL）。
3、RT-PCR反应
将上述加好模板的反应管混匀，短暂离心后放入PCR仪进行RT-PCR 扩增。

4、RT-PCR产物检测
1）2.0％琼脂糖凝胶制备：称取2.0g Agarose，倒入耐热玻璃瓶内，再加入电泳液（1×TBE）100mL，轻轻混匀后加热，使Agarose完全熔化。待Agarose胶温度降至50～60℃左右，加入核酸染料，轻轻混匀（不要产生气泡）。待胶温度降至50℃左右时，将其倒入制胶板，插好电泳梳子。待胶完全凝固（约30～60min）之后，将梳子拔出。
2）将制备好的电泳胶放入电泳槽（带梳子孔的一端在阴极），倒入电泳液（1×TBE）浸过胶面即可。
3）PCR产物各取10μL，加入2μL上样缓冲液（6×Loading Buffer），混匀后加入电泳胶孔内（先加Marker（DL－2000）5μL，然后依次加标本PCR产物，再加阴性对照，最后加阳性对照产物）。 4）电泳电压100V，约30～40min后看结果。 5）将电泳胶放入凝胶成像系统观察结果并照相。
5、结果判断。

‘贰’ 怎样鉴定RNA

首先RNA是由 戊糖 磷酸基团 碱基 组成的 所以只要鉴别出这三样物质就可以了
制得RNA水解液：在粗制RNA中，加入10%硫酸 ，搅拌均匀，加热，讲RNA水解
鉴定：水解液+苔黑酚—FeCl3试剂 然后加热直到沸腾1分钟，若呈现墨绿色 说明 含有 戊糖
水解液+氨水+5%硝酸银溶液，如果出现絮状嘌呤银化合物，说明有碱基存在
水解液+少量浓硝酸+少量钼酸铵溶液 若呈现淡黄色 说明有磷酸基团存在

‘叁’ 常用的植物病毒分子检测诊断技术有哪些

1 RT-PCR技术

RT-PCR是英文Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction的简写，中文称之为反转录聚合酶链式扩增反应。在反转录酶M-MLV或AMV的作用下，以RNA为模板、以20个左右的核苷酸为引物，反转录合成cDNA。再以cDNA为模板，两个3和5端互补寡核苷酸引物，由Taq聚合酶从5→3进行一系列DNA聚合反应，扩增出所需要的目的DNA，可将极微量的靶DNA特异性地扩增上百万倍，从而大大提高了对DNA分子的分析和检测能力。

利用PCR技术，可以检测到单分子核酸或对每10万个细胞中仅含1个靶核酸分子的样品。因此，该技术创立至今十年来，迅速地形成为常规的标准程序，为生物科学提供了从微量微生物材料中快速得到大量特定的遗传物质的实验手段。PCR在植物病毒的检测、鉴定和植物病毒的检疫工作中也将具有重要意义。如果病毒核酸是DNA类型，不需要反转录（RT），直接可以进行聚合酶链式扩增（PCR）。而大多数植物病毒的核酸类型为RNA，因此，需要先进行反转录（RT），再进聚合酶链式（PCR）扩增。用1%琼脂糖和5%聚丙烯酰胺进行电泳，即可检出扩增片段。

这里以香石竹斑驳病毒为例，介绍RT-PCR检测香石竹斑驳病毒的实验技术。

用已知病毒核酸保守序列设计引物，分别提取病、健植物总RNA为模板，进行RT-PCR反应，琼脂糖或PAGE电泳检测扩增结果。感病材料会出现特异扩增带。如香石竹斑驳病毒（Carnation mottle virus，CarMV）。根据该病毒的RNA序列设计引物，P1引物（5′端引物，与CarMV RNA的2516～2538同源）：5′-〔TTA，GTT，TGC，CCC，CGT，TGG，TAA，CC〕-3′。P2引物（3′端互补引物，与CarMV RNA的3100～3124对应）：5′-〔AAG，CGT，CAT，CGT，TGA，ATC，CCA，GAG〕-3′。目标片段大小为608nt。对病健材料进行了RT-PCR，从感病材料中可以扩增出了大约600bp的特异片段，而健康植物无此扩增带。用此方法可以快速、准确地检测香石竹斑驳病毒。操作如下：

（1）RNA提取

分别取感病及健康叶片0.2～0.5g，加液氮研成粉末，按1g∶2ml的比例悬浮于RNA抽提缓冲液（20mmol/L Tris-HC1 pH8.0，1mmol/L EDTA，1%SDS，0.2%巯基乙醇）。按1∶1比例加入水饱和苯酸—氯仿—异戊醇（25∶24∶1）混合液，抽提数次，乙醇沉淀总RNA。溶入20～50μl TE缓冲液中，-70℃冰箱保存备用。

（2）cDNA合成反应体系组分为

待检测材料总RNA或健康材料总RNA各0.5/μg，20pmol/L引物P21μl，5×MMLV缓冲液4μl，ddH2O7μl，该混合液于88℃处理10min后冰上迅速冷却，然后加入10mmol/L dNTPs 1μl，40U/μl Rnasin 0.5μl，100mmol/L DTT 2μl，200U/μl MMLV逆转录酶1μl，混合后经42℃处理lh，合成cDNA。

（3）PCR扩增

取上述的cDNA各0.5μg，分别加入10×PCR缓冲液5μl，20pmol/L引物P1和引物P2各1μl，10mmol/LdNTPs 1μl，88℃10min之内加2U/μl Taq DNA聚合酶1μl，加ddH2O至50/μl。然后在液面上加三滴石蜡油，进行如下PCR热循环：94℃3min，60℃1min，72℃1min，1次循环；94℃40s、60℃1min，72℃1min，35次循环，最后72℃延伸10min。PCR产物用1%琼脂糖凝胶电泳检查。携带CarMV的样品会出现600bp的特性扩增带。如图1。

图1 CarMV PCR产物的琼脂糖凝胶电泳结果