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数字pcr突变率计算方法

发布时间:2022-02-22 02:23:02

A. 起始进样量20ngdna的情况下,数字pcr检测ctdna单个位点的检测灵敏度是多少

数字PCR
可以绝对定量,理论上可以检测单个拷贝的突变,但是实际上如果突变分子比例太低,你可能取不到。20ng人基因组大致
拷贝数
是5.8E6,目前看文献报道,可以检出万分之一的突变比例,至于十万分之一,估计有点难度

B. 数字PCR检测方法如何选择

数字PCR即Digital PCR(dPCR),它是一种核酸分子绝对定量技术。相较于qPCR,数字PCR可让你能够直接数出DNA分子的个数,是对起始样品的绝对定量。

在定量PCR时,我们常常纠结一个问题,究竟是相对定量还是绝对定量呢?如今,你无需纠结了,因为数字PCR(digital PCR)来了。尽管这两种技术有些类似,都是估计起始样品中的核酸量,但它们有一个重要的区别。定量PCR是依靠标准曲线或参照基因来测定核酸量,而数字PCR则让你能够直接数出DNA分子的个数,是对起始样品的绝对定量。因此特别适用于依靠Ct值不能很好分辨的应用领域:拷贝数变异、突变检测、基因相对表达研究(如等位基因不平衡表达)、二代测序结果验证、miRNA表达分析、单细胞基因表达分析等。

原理

PCR实际上是一个在模板DNA、引物(模板片段两端的已知序列)和四种脱氧核苷酸等存在的情况下,DNA聚合酶依赖的酶促合成反应,扩增的特异性取决于引物与模板DNA的特异结合。

数字PCR可以实现更高准确性、灵敏度和绝对定量

数字PCR是一种核酸检测和定量分析的新方法,可以作为传统实时定量PCR的替代方法,以实现绝对定量及稀有等位基因的检测。数字PCR的工作原理在于将DNA或cDNA样品分割为许多单独、平行的PCR反应,部分这些反应包含了靶标分子(阳性),而其他不包含(阴性)。单个分子可以被扩增一百万倍或更多。在扩增期间,TaqMan化学试剂及染料标记探针可用于检测特定序列的靶标。当不存在任何靶标序列时,没有信号累积。PCR分析后,阴性反应片段用于生成样品中靶标分子的绝对计数,而无需标准品或内标。  

纳流芯片的使用提供了便捷和直观的机制来同时平行运行上千个PCR反应。每个孔都加入了样品、扩增混合物和 TaqMan测定试剂的混合物,然后进行单独分析以检测存在(阳性)或不存在(阴性)终点信号。考虑到孔可能接收到多个靶标序列分子,使用泊松模型应用了一个校正因子。

 
以上来自网络。

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相对定量 相对定量得到的结果为特定样本中目的基因相对于另一参照样本的量的变化。 在某些不需要对基因进行绝对定量,只需要确定基因相对表达差异的情况下,如某样品在经过某种处理后目的基因表达量是增加了还是减少了,用相对定量的方法就可以得到结果,......
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D. 数字PCR的原理

数字 PCR 的工作原理在于将 DNA 或 cDNA 样品分割为许多单独、平行的 PCR 反应,部分这些反应包含了靶标分子(阳性),而其他不包含(阴性)。 单个分子可以被扩增一百万倍或更多。 在扩增期间,TaqMan® 化学试剂及染料标记探针可用于检测特定序列的靶标。 当不存在任何靶标序列时,没有信号累积。 PCR 分析后,阴性反应片段用于生成样品中靶标分子的绝对计数,而无需标准品或内标。

E. 大夫您好!我朋友在做正常体查中,做了肿瘤早期筛查,用微滴式数字PCR技术做了血液11项基因检测,其

指导意见:
肿瘤的治疗最好是中西医结合治疗同时进行效果最好。西医的手术。放化疗都有很大的毒副作用和后遗症。所以最好同时配合无毒抗癌绿色疗法 中医中药。这样既可以减轻西医治疗的毒副作用。巩固病情;同时还可以减轻症状。控制病情发展。提 高生存质量。延长生存期。

F. 什么是数字PCR

数字PCR技术是一种核酸分子绝对定量技术,其原理是将一个PCR反应体系分配到大量微小的反应单元中,在每个单元包含一个或多个拷贝的目标分子( DNA 模板) ,进行单分子模板扩增,扩增结束后通过阳性反应的数目和统计学方法计算原始样本中目标基因的拷贝数。

G. 如何利用数字PCR评估基因编辑效率

在定量PCR时,我们常常纠结一个问题,究竟是相对定量还是绝对定量呢?如今,你无需纠结了,因为数字PCR(digital PCR)来了。尽管这两种技术有些类似,都是估计起始样品中的核酸量,但它们有一个重要的区别。定量PCR是依靠标准曲线或参照基因来测定核酸量,而数字PCR则让你能够直接数出DNA分子的个数,是对起始样品的绝对定量。因此特别适用于依靠Ct值不能很好分辨的应用领域:拷贝数变异、突变检测、基因相对表达研究(如等位基因不平衡表达)、二代测序结果验证、miRNA表达分析、单细胞基因表达分析等。

H. 数字 pcr 的应用做snp 频率怎么弄

有很多方面你需要考虑,最重要的根据基因多态性频率为指标估算需要总样本量,如果其发生数服从Poisson分布,就采用Poisson分布的公式;其次根据基因多态性对你研究的疾病结局的相对危险度为指标估算需要病例数,具体的计算采用W. James Gauderma。

I. 什么是数字PCR (Digital PCR)

数字PCR是一种核酸(DNA和RNA)单分子计数手段,可实现核酸分子的绝对定量。数字PCR的基本原理是,将适度稀释的低浓度核酸样本分装进若干个独立的微反应体系中,由于稀释后靶核酸分子浓度极低,分装的结果使有些微反应体系中无靶核酸分子,有些微反应体系中含有至少1个靶核酸分子。经过PCR扩增,无靶核酸分子的微反应呈阴性,有靶核酸分子的微反应呈阳性。计数阳性微反应的数量,再结合泊松分布概率密度函数,即可得到每个微反应体系中靶核酸分子的平均含量,进而获得样品中靶核酸分子的原始浓度。

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